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2012 Fiscal Year Annual Research Report

マンガンイオンを活性中心に含む金属酵素の触媒機構に関する理論的研究

Research Project

Project/Area Number 22550010
Research InstitutionMie University

Principal Investigator

吉岡 泰規  三重大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (00291451)

Project Period (FY) 2010-10-20 – 2013-03-31
Keywords金属酵素 / マンガンイオン / 酸素発生複合体 / Mn/Fe2核系 / 光化学系II / ホスファターゼ / B3LYP / 自然軌道解析
Research Abstract

光合成系の酸素発生複合体(OEC)では、23年5月に、クラスター周囲に水分子が解像されるなど非常に信頼性の高い 1.9 Å の高解像度のX線構造が発表され、研究対象をその構造に切り替えた。本年度の主な研究成果は、1)S0状態に対し、今までに理論計算で得られていなかったMn4(III, IV, IV, II)の分子構造と電子状態が初めて得られた。この状態は先に得られていたMn4(III, III, IV, III)状態よりは12.5 kcal/mol 高エネルギーであった。Mn4(III, IV, IV, II)の分子構造は1.9 Å のX線構造に近い構造であることから、S1状態を想定した1.9 Å のX線構造は還元状態を含んでいると我々は示唆した。これらの結果から、S0状態はMn4(III, III, IV, III)状態であると決定づけた。2)S1状態に対し、昨年度はMn4(III, III, IV, IV)が最安定であると考えていたが、本年度の研究で実際には、Mn4(III, IV, IV, III)の状態が15.8 kcal/mol 低く最安定であることが判った。この状態は、S0状態で高エネルギーであったMn4(III, IV, IV, II)状態の周囲の水分子の水素結合様式に酷似しおり、S0からS1への遷移では水素結合様式が大きく変化することが判った。これらの結果から、Mnコアの電子構造と水素結合様式がOECの触媒機構の解明に重要な因子となっていると考えられる。S0、S1、S2 の分子構造と電子状態については、論文にまとめこの4月に印刷された。S3 と S4 の分子構造と電子状態はすでに決定しており論文発表を準備中である。現在、S2からS3とS3からS4の反応過程を追跡中である。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2013 2012

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Theoretical Study on the Mechanism of Dioxygen Evolution in Photosystem II. I. Molecular and Electronic Structures at the S0, S1, and S2 States of Oxygen-Evolving Complex2013

    • Author(s)
      T. Ichino and Y. Yoshioka
    • Journal Title

      Bull. Chem. Soc. Jpn

      Volume: 86 Pages: 479-491

    • DOI

      DOI:10.1246/bcsj.20120223

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Nature of chemical bonds of the CaMn4O5 cluster in oxygen evolving complex of photosystem II. Jahn-Teller distortion and its suppression by Ca doping in cubane structures2013

    • Author(s)
      K. Yamaguchi, S. Yamanaka, H. Isobe, T. Saito, K. Kanda, Y. Umena, K. Kawakami, J. –R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, H. Nakamura, M. Shoji and Y. Yoshioka
    • Journal Title

      Internat. J. Quantum Chem.

      Volume: 113 Pages: 453-473

    • DOI

      10.1002/qua.24280

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Which oxidation state is preferable at S0 state in oxygen-evolving complex2012

    • Author(s)
      T. Ichino and Y. Yoshioka
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 545 Pages: 107-111

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2012.07.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A B3LYP Study on Electronic structures of [(X)mMn(-oxo)2Mn(Y)n]q+ (X, Y = H2O, OH and O) as a Mn cluster model of OEC2012

    • Author(s)
      M. Katsuda, E. Hishikawa, M. Mitani and Y. Yoshioka
    • Journal Title

      J. Biophys. Chem.

      Volume: 3 Pages: 111-126

    • DOI

      10.4236/jbpc.2011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Numerical integration of atomic electron density with double exponential formula for density functional calculation2012

    • Author(s)
      M. Mitani and Y. Yoshioka
    • Journal Title

      Theoret. Chem. Acc.

      Volume: 131 Pages: 1169(15)

    • DOI

      10.1007/s00214-012-1169-z

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 16個の水分子を考慮したKcsAカリウムチャンネルの金属イオン水和構造に関する密度汎関数計算2013

    • Author(s)
      伊藤瑞紀, 伊藤駿, 三谷昌輝, 吉岡泰規
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学びわこ・くさつキャンパス
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] OECのS2からS3状態遷移での一電子酸化およびプロトン移動に関する理論的研究2013

    • Author(s)
      市野智也, 三谷昌輝, 吉岡泰規
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学びわこ・くさつキャンパス
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 密度汎関数計算によるEcClC対向輸送体のプロトン輸送経路の対するモデル系の検討2013

    • Author(s)
      三谷昌輝, 秋山由衣, 吉岡泰規
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学びわこ・くさつキャンパス
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] ホスファターゼ(PAP)とリン酸エステルおよびリン酸との複合体の電子状態に関する理論的研究2012

    • Author(s)
      清水智也, 市野智也, 三谷昌輝, 吉岡泰規
    • Organizer
      第43回中部化学関係学協会支部連合秋季大会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学
    • Year and Date
      20121110-20121111
  • [Presentation] OECによるS0からS4状態までの水分子酸化機構に関する理論的研究2012

    • Author(s)
      市野智也, 三谷昌輝, 吉岡泰規
    • Organizer
      第6回分子科学討論会2012東京
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] 密度汎関数計算による第2水和殻を考慮したKcsAカリウムチャンネルの金属イオン水和構造の検討2012

    • Author(s)
      伊藤瑞紀, 三谷昌輝, 吉岡泰規
    • Organizer
      第6回分子科学討論会2012東京
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] 二重指数関数型公式による2原子分子の電子密度の数値積分2012

    • Author(s)
      三谷昌輝, 吉岡泰規
    • Organizer
      第6回分子科学討論会2012東京
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス
    • Year and Date
      20120918-20120921

URL: 

Published: 2014-07-24  

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