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2012 Fiscal Year Annual Research Report

分子多体系における量子移動過程の理論とシミュレーション

Research Project

Project/Area Number 22550012
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

安藤 耕司  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (90281641)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2014-03-31
Keywords電子移動 / プロトン移動 / 量子動力学 / 電子状態 / 分子シミュレーション
Research Abstract

本研究の目的は、溶液、固体、生体分子などの凝縮系/分子多体系における電子移動、励起移動、系間交差、プロトン移動、およびそれらが協同的に起こる過程について、量子効果を適切に取り入れながら、現実的な系に適用可能であるような有効な近似シミュレーション手法を開発し、応用研究を推進することにある。特に、本申請者が近年開発している三つの新手法、量子古典混合リウヴィル動力学法、準量子的時間依存ハートリー法、準量子的原子価結合波束法を基盤として、近似精度向上のための基礎理論の整備、応用範囲の拡大を目指した大規模計算手法の改良と実装を遂行する。平成24年度の研究実績は、以下のようにまとめられる。(1) プロトン移動性分子結晶における協同的誘電相転移の研究を、従来の古典モンテカルロシミュレーションから量子モンテカルロシミュレーションへ拡張し、同位体混晶の混成比の関数としての相図を計算して平均場近似との比較検討を行った。(2) プロトン移動反応の量子波束シミュレーション手法を確立するために、準量子的波束分子動力学法理論を拡張し、水中の水素結合組み換えダイナミクスへの応用した。(3) 原子価結合電子波束法を反応における電子ダイナミクス研究へ拡張する一つの方向として、基準振動解析による励起エネルギー計算を行った。(4) 前年度までに開発したタンパク質中の長距離電子移動経路解析の新手法を、光合成反応中心におけるキノン間の非ヘム鉄錯体を介した電子移動へ応用し、実験で見出された金属イオン置換への依存性の微視的起源を議論した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

以下の4課題について着実な進展があり、最初の3課題について原著論文発表に至った。4番目の課題は、現在論文投稿準備中である。(1) プロトン移動性分子結晶における協同的誘電相転移の研究を、従来の古典モンテカルロシミュレーションから量子モンテカルロシミュレーションへ拡張し、同位体混晶の混成比の関数としての相図の計算と平均場近似との比較検討した。(2) プロトンポンプの量子波束シミュレーション手法を確立するための準量子的波束分子動力学法の拡張および水中の水素結合組み換えダイナミクスへ応用した。(3) タンパク質中の長距離電子移動経路解析の新手法を、光合成反応中心におけるキノン間の非ヘム鉄錯体を介した電子移動へ応用した。(4) 原子価結合電子波束法から電子ダイナミクスの研究に向けた基準振動解析による励起エネルギー計算を実行した。

Strategy for Future Research Activity

今後は、電子波束を原子価結合法に適用した新しい化学結合理論について、計算効率の向上と適用範囲の拡大を目指し、次の2方針で研究を推し進める予定である。(1) 従来の球型から楕円球型へガウス波束を拡張する。(2) ダイナミクス計算プログラムを実装し、化学反応における電子動力学や励起状態の計算を実行する。また、長距離電子移動経路解析については、確率力学を用いた新しい理論手法の開発を目指す。

  • Research Products

    (24 results)

All 2013 2012

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (18 results) (of which Invited: 6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Atoms-in- molecules analysis of the effect of intermolecular interactions on dielectric properties in hydrogen-bonded material 5-bromo-9-hydroxyphenalenone2013

    • Author(s)
      Hiroki Otaki and Koji Ando
    • Journal Title

      International Journal of Quantum Chemistry

      Volume: 113 Pages: 386-392

    • DOI

      10.1002/qua.24058

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Semiquantal Molecular Dynamics Simulations of Hydrogen-Bond Dynamics in Liquid Water using Spherical Gaussian Wave Packets2013

    • Author(s)
      Junichi Ono, Kim Hyeon-Deuk, and Koji Ando
    • Journal Title

      International Journal of Quantum Chemistry

      Volume: 113 Pages: 356-365

    • DOI

      10.1002/qua.24146

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Semiquantal molecular dynamics simulations of hydrogen-bond dynamics in liquid water using multi- dimensional Gaussian wave packets2012

    • Author(s)
      Junichi Ono and Koji Ando
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 137 Pages: 174503-1-18

    • DOI

      10.1063/1.4762840

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fragment Molecular Orbital Study on Electron Tunneling Mechanisms in Bacterial Photosynthetic Reaction Center2012

    • Author(s)
      Hirotaka Kitoh-Nishioka and Koji Ando
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 116 Pages: 12933-12945

    • DOI

      10.1021/jp3062948

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intermolecular diatomic energies of a hydrogen dimer with non-Born- Oppenheimer nuclear and electron wave packets2012

    • Author(s)
      Kim Hyeon-Deuk and Koji Ando
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 532 Pages: 124-130

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.02.073

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 量子モンテカルロ法を用いた水素結合性分子結晶における 誘電相転移と同位体効果の研究2013

    • Author(s)
      大滝大樹, 安藤耕司
    • Organizer
      高次π空間の創発と機能開発 第9回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      シーサイドホテル舞子ビラ神戸
    • Year and Date
      20130313-20130314
  • [Presentation] 第一原理電子状態計算を用いた電子移動経路解析2013

    • Author(s)
      鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司
    • Organizer
      高次π空間の創発と機能開発 第9回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      シーサイドホテル舞子ビラ神戸
    • Year and Date
      20130313-20130314
  • [Presentation] Electron Wave Packet Modeling of Chemical Bonding2013

    • Author(s)
      Koji Ando
    • Organizer
      Symposium of Quantum and Classical Dissipative Dynamics
    • Place of Presentation
      分子科学研究所
    • Year and Date
      20130307-20130308
    • Invited
  • [Presentation] Semiquantal Wave Packet Molecular Dynamics Simulation of Hydrogen-Bond Dynamics in Water2012

    • Author(s)
      Koji Ando
    • Organizer
      Workshop on Structure and Dynamics of Water in Gas, Liquid and Solid Phases
    • Place of Presentation
      台湾大学 中央研究院原子興分子科学研究所
    • Year and Date
      20121128-20121130
    • Invited
  • [Presentation] Electron Transfer Pathway Analysis in Biomolecules2012

    • Author(s)
      Hirotaka Kitoh-Nishioka and Koji Ando
    • Organizer
      高次π空間の創発と機能開発第4回国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      浜名湖ロイヤルホテル
    • Year and Date
      20121113-20121114
  • [Presentation] Electron Transfer Pathway Analysis in Bacterial Photosynthetic Reaction Center2012

    • Author(s)
      Hirotaka Kitoh-Nishioka and Koji Ando
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] 光合成バクテリア反応中心における電子トンネル移動機構2012

    • Author(s)
      鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] 電子とプロトンのダイナミクス2012

    • Author(s)
      安藤耕司
    • Organizer
      CMSI第一部会「新物質新量子相の基礎科学」 夏の学校
    • Place of Presentation
      タカミヤビレッジホテル樹林(山形県蔵王)
    • Year and Date
      20120820-20120825
    • Invited
  • [Presentation] 光合成バクテリア反応中心の電子移動経路解析2012

    • Author(s)
      鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司
    • Organizer
      高次π空間の創発と機能開発 第8回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      石川県加賀市ホテルアローレ
    • Year and Date
      20120719-20120720
  • [Presentation] 光合成細菌反応中心の電子トンネル移動経路解析2012

    • Author(s)
      鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司
    • Organizer
      第20回光合成の色素系と反応中心に関するセミナー
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
    • Year and Date
      20120701-20120701
  • [Presentation] Semiquantal Wave Packet Molecular Dynamics Simulation of Hydrogen-Bond Dynamics in Water2012

    • Author(s)
      Koji Ando
    • Organizer
      2012 Workshop on Exploring the Structures and Dynamics of Water at Interfaces
    • Place of Presentation
      台湾大学 中央研究院原子興分子科学研究所
    • Year and Date
      20120620-20120621
    • Invited
  • [Presentation] Floating and Breathing Minimal Electron Wave Packet Modeling of Chemical Bonding2012

    • Author(s)
      Koji Ando
    • Organizer
      第28回化学反応討論会
    • Place of Presentation
      九州大学筑紫キャンパス
    • Year and Date
      20120606-20120608
  • [Presentation] FMO-LCMO法を用いた長距離電子移動反応の理論的研究II2012

    • Author(s)
      鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      仙台市福祉プラザ
    • Year and Date
      20120524-20120526
  • [Presentation] Fragment Molecular Orbital Study on Electron Tunneling Mechanism of Electron Transfer Reaction from Heme c-559 to Photo-oxidized Special Pair P960+ in Bacterial Photosynthetic Reaction Center2012

    • Author(s)
      Hirotaka Kitoh-Nishioka and Koji Ando
    • Organizer
      JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120510-20120510
  • [Presentation] Electron Wave Packet Modeling of Chemical Bonding2012

    • Author(s)
      Koji Ando
    • Organizer
      JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120510-20120510
  • [Presentation] Electron transfer pathway analysis in large biomolecules2012

    • Author(s)
      Hirotaka Kitoh-Nishioka and Koji Ando
    • Organizer
      China-Japan-Korea Tripartite Workshop on Theoretical and Computational Chemistry
    • Place of Presentation
      北京大学
    • Year and Date
      2012-07-19
    • Invited
  • [Presentation] Electron transfer pathway analysis in large biomolecules2012

    • Author(s)
      Hirotaka Kitoh-Nishioka and Koji Ando
    • Organizer
      ISSP-CMSI international symposium on MAterial Simulation in Petaflops era (MASP2012)
    • Place of Presentation
      東京大学物性研究所
    • Year and Date
      2012-07-12
    • Invited
  • [Presentation] 浮動幅可変ガウス波束と原子価結合法による化学結合の記述2012

    • Author(s)
      安藤耕司
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      仙台市福祉プラザ
    • Year and Date
      2012-05-24
  • [Book] 高次π空間の創発と機能開発 4.1節 光合成反応中心における長距離電子移動の経路解析2013

    • Author(s)
      鬼頭-西岡宏任, 安藤耕司
    • Total Pages
      5 (分担)
    • Publisher
      シーエムシー出版

URL: 

Published: 2014-07-24  

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