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2012 Fiscal Year Annual Research Report

複核金属タンパク質のデノボ設計

Research Project

Project/Area Number 22550150
Research InstitutionNagoya Institute of Technology

Principal Investigator

田中 俊樹  名古屋工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (70171775)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
Keywordsタンパク質工学 / 金属タンパク質 / 4-へリックスバンドル型タンパク質 / 複核タンパク質 / デノボデザイン / チトクローム-C-オキシダーゼ
Research Abstract

金属イオンは天然タンパク質の活性中心ある場合が多く、配位構造と機能の相関に興味を持たれて金属配位の設計が盛んに行われてきた。これまでに単核の金属イオンの結合デザインについて多くの報告はあるが、複数個の金属イオンを持つタンパク質については未だに報告例はほとんどない。本研究は、複核金属タンパク質の設計、構築を行い、複核金属タンパク質の設計方法の向上を目指したものである。本研究では、生体に重要な機能を持つ2つの銅イオンが2つのシステインを介して結合しCu2S2ダイアモンドクラスターを形成しているチトクローム-C-オキシダーゼ(COX)の設計を行った。銅イオンの配位構造を安定な4-へリックスバンドル型タンパク質中に設計し、タンパク質を取得後、UV-visスペクトル、EPRスペクトル、EXAFS解析などの物理化学的測定から設計タンパク質は天然のCOXとほぼ同じ性質を持つことがわかった。またこの情報から、コンピューターグラフィックスを用いた立体構造を構築した。天然タンパク質とは異なる立体構造中にCOXと同様なCu2S2ダイアモンドクラスターを形成させた初めての例である。天然タンパク質のスルオキシドジスムターゼ(Zn-Cu-SOD)は亜鉛イオンと銅イオンが近接して存在する。上記の4-へリックスバンドル型タンパク質中に亜鉛イオンと銅イオンの配置を設計した。これらの金属イオンの配位にはHis残基が関与している。設計にHis残基だけを入れたタンパク質は銅イオンが一つしか入らなかった。そこで、タンパク質中にCys残基をモニターのために加えたところ銅イオンと亜鉛イオンが配位したと考えられる結果が得られた。解析は完全ではないが、設計により銅イオンと亜鉛イオンを同時に入れた初めての例である。これらは今後の金属配位のデザインの指針にとって有用な結果である。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Tuning the geometies of a de novo blue copper protein by axial interactions2012

    • Author(s)
      D. Shiga
    • Journal Title

      J. Biol. Inorg. Chem.

      Volume: 17 Pages: 1025-1031

    • DOI

      DOI 10.1007/s00775-012-0916-x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Creation of a binuclear purple copper site within a de novo coiled-coil protein2012

    • Author(s)
      D. Shiga
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Pages: 7901-7907

    • DOI

      DOI.org/10.1021/bi3007884

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 設計ブルー銅タンパク質からレッド銅タンパク質へ改築2013

    • Author(s)
      亀井美里
    • Organizer
      第93春季年会日本化学会
    • Place of Presentation
      草津
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] De novo 4本鎖コイルドコイルタンパク質におけるパープル銅サイトの構築2012

    • Author(s)
      龜井美里
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20120906-20120908
  • [Presentation] パープル銅タンパク質のde novo設計2012

    • Author(s)
      龜井美里
    • Organizer
      第12日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20120620-20120622
  • [Presentation] Creation of binuclear purple copper site within the de novo coiled-coil protein2012

    • Author(s)
      M. Kamei
    • Organizer
      第21回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      20120531-20120601
  • [Presentation] 四本鎖コイルドコイルタンパク質におけるパープル銅サイトの構築

    • Author(s)
      龜井美里
    • Organizer
      第76回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎
  • [Presentation] ヘモシアニンモデル蛋白質の人工的設計

    • Author(s)
      安部雅人
    • Organizer
      第43回中部化学関係学協会支部連合秋期大会
    • Place of Presentation
      名古屋

URL: 

Published: 2014-07-24  

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