2012 Fiscal Year Annual Research Report
近縁種ゲノム比較によるマイクロサテライト遺伝子座の進化の研究
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22570093
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| Research Institution | Kagawa University |
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Principal Investigator |
竹崎 直子 香川大学, 総合生命科学研究センター, 教授 (30398036)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田村 浩一郎 首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00254144)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | マイクロサテライトDNA / 遺伝子座の保存の程度 / 遺伝子座の獲得と消失 / リピート数の変化の速度 / ヒト / チンパンジー |
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| Research Abstract |
本年度は、ヒトとチンパンジーの系統におけるマイクロサテライトDNA遺伝子座の突然変異パターンを、オランウータンをアウトグループとして調べ、その違い（遺伝子座の獲得消失、リピート数の変化の速度など）を論文にまとめた(現在投稿中)。
ヒト、チンパンジー、オランウータンのゲノムのオーソロガス領域の探索によってみつかったマイクロサテライト遺伝子座の、リピートの単位となる塩基配列のモティーフにゲノム上の位置の情報を加えて、データベースとして公開できるようにした。論文での解析に用いたヒトゲノムhg18、チンパンジーゲノムPantro2によるマイクロサテライト遺伝子座の情報については、ヒトとチンパンジーのみのオーソロガス領域のマイクロサテライト遺伝子座の情報を含めてほぼ公開の準備が整っている。これに加えてヒトゲノムhg19を用いたマイクロサテライト遺伝子座の探索を現在行っており、この結果もデータベースとして公開する予定である。
これまでに、マイクロサテライト遺伝子座やその他の多型マーカーを用いた集団の進化的関係を推定するためのソフトウェアPOPTREE2を開発し、一般に公開している。これは主にWindows PCでの使用を想定したものである。このソフトウェアのweb版の開発を現在ほぼ終えており、近日中に公開できる予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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