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2012 Fiscal Year Annual Research Report

固体NMRによる新規室温磁場配向膜を用いた膜表在性タンパク質脂質結合機能の解明

Research Project

Project/Area Number 22570126
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

西村 勝之  分子科学研究所, 物質分子科学研究領域, 准教授 (00334631)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
Keywords膜タンパク質 / 固体NMR / 配向試料 / バイセル / 膜表在性 / PLCδ1 / PHドメイン / 開発
Research Abstract

本研究は膜表在性タンパク質(ヒト由来PLC-δ1 PHドメイン;hPH)をモデルタンパク質として、NMRを用いて膜表在性タンパク質の構造、および機能解析のための手法開発、および同タンパク質の機能発現機構を解明することを目的としている。
Native PAGEによる機能解析法を開発し、生理的環境に近い状態での膜表在性タンパク質ヒト由来PLC-δ1 PHドメイン(hPH)の機能解析法、およびタンパク質の熱安定性評価法の確立に成功した。これらの解析により、hPHに特徴的に存在し基質とは直接結合しないα2ヘリックスが、hPHの基質結合状態の安定化およびタンパク質の熱安定性の上昇に寄与していることを明らかにした。
また、主鎖Lys残基特異的に15N安定同位体標識したhPH、およびその部位特異的変異体について溶液NMRによる解析を行った。昨年度の解析で、hPHに特徴的に存在するα2ヘリックスが基質結合に伴って構造の安定化が起こることを明らかにしたが、この効果は基質結合に伴い、α2ヘリックスが、空間的に離れた位置に存在するα3-α4ループと、間接的に相互作用することにより生じることを明らかにした。
また、Ala残基側鎖メチル基を特異的に13C安定同位体標識したhPHをPOPC/PIP2マルチラメラベシクル最表面上に結合させた試料の、CP-MAS, シングルパルスによる13C磁化の直接励起、および試料回転同期型INEPTによる固体NMR測定を400、および920MHzNMRの双方で行った。しかし、どの場合にも信号強度は極めて低く、かつ広幅であった。このため、同タンパク質は脂質膜表面結合状態では、不均一構造を取っていることが示唆された。本結果は、他研究グループにより報告されている脂質挿入の知見とも一致した。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (8 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Difference in the structures of alanine tri- and tetra-peptides with antiparallel β-sheet assessed by X-ray diffraction, solid-state NMR and chemical shift calculations by GIPAW2013

    • Author(s)
      T. Asakura, K. Yazawa, K. Horiguchi, F. Suzuki, Y. Nishiyama, K. Nishimura, H. Kaji
    • Journal Title

      Biopolymers

    • DOI

      DOI:10.1002/bip.22241

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intramolecular allosteric interaction in the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain2013

    • Author(s)
      M. Tanio, K. Nishimura
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta.

      Volume: 1834 Pages: 1034-1043

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2013.01.034

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and orientation of bovine lactoferrampin in the mimetic bacterial membrane as revealed by Solid-State NMR and molecular dynamics simulation2012

    • Author(s)
      A. Tsutsumi, N. Javkhlantugs, A. Kira, M. Umeyama, I. Kawamura, K. Nishimura, K. Ueda, and A. Naito
    • Journal Title

      Biophys. J

      Volume: 103 Pages: 1-9

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bpj.2012.09.010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Determination of accurate 1H positions of alanine tripeptide with anti-parallel and parallel β-sheet structures by high resolution 1H solid state NMR and GIPAW chemical shift calculation2012

    • Author(s)
      Koji Yazawa, Furitsu Suzuki, Yusuke Nishiyama, Takuya Ohata, Akihiro Aoki, Katsuyuki Nishimura, Hironori Kaji, and Tetsuo Asakura
    • Journal Title

      Chem. Comm.

      Volume: 48 Pages: 11199-11201

    • DOI

      10.1039/c2cc36300c.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of the phospholipase C-delta1 pleckstrin homology domain using Native polyacrylamide gel electrophoresis2012

    • Author(s)
      M. Tanio, K. Nishimura
    • Journal Title

      Anal. Biochem.

      Volume: 431 Pages: 106-114

    • DOI

      10.1016/j.ab.2012.09.012.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] NMR and Native-PAGE analyses of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain2012

    • Author(s)
      Michikazu Tanio, and Katsuyuki Nishimura
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] 生体分子の1H精密位置決定~超高速MAS1H固体NMRによる1H DQMAS測定とGIPAW化学シフト計算~2012

    • Author(s)
      矢澤宏次、鈴木不律、西山裕介、西村勝之、梶弘典、朝倉哲郎
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] 常磁性ポリ酸の固体95MoNMR2012

    • Author(s)
      飯島隆広、山瀬利博、丹所正孝、清水禎、西村勝之
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] The short α2-helix of the phospholipase C-δ1 pleckstrin homology domain contributes to stable IP3 binding2012

    • Author(s)
      Michikazu Tanio, Katsuyuki Nishimura
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 (愛知県)
    • Year and Date
      20120921-20120924
  • [Presentation] 脂質二重膜上におけるDef6 PH ドメインの高次構造の解析2012

    • Author(s)
      Naomi Tokuda、Michikazu Tanio、 Katsuyuki Nishimura、Toshiyuki Kohno、Daisuke Yokogawa、Takahisa Ikegami、Satoru Tuzi
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 (愛知県)
    • Year and Date
      20120921-20120924
  • [Presentation] “1H固体NMRの新時代 ~1Hの位置からみるペプチドおよびタンパク質の分子間構造解析~“2012

    • Author(s)
      矢澤宏次、杉本真理、西山裕介、西村勝之、鈴木不律、梶弘典、朝倉哲郎
    • Organizer
      第61回高分子討論会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学 (愛知県)
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] 高分解能1H 固体NMR を用いた家蚕絹結晶部モデルペプチドの分子間構造解析2012

    • Author(s)
      大畑卓也、矢澤宏次、青木昭宏、西山裕介、西村勝之、朝倉哲郎
    • Organizer
      第61回高分子討論会
    • Place of Presentation
      名古屋工業大学 (愛知県)
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] The short alpha2-helix of the phospholipase C-delta1 pleckstrin homology domain stabilizes the protein-IP3 interaction2012

    • Author(s)
      Michikazu Tanio, and Katsuyuki Nishimura
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場 (愛知県)
    • Year and Date
      20120620-20120622
  • [Remarks] 分子研レターズ67号

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/publications/letters67/301.pdf

  • [Remarks] annual review

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/english/know_en/publications/ann_rev_2011/nishimura.pdf

URL: 

Published: 2014-07-24  

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