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2010 Fiscal Year Annual Research Report

ラジカル酵素システムの動作原理の解明-酵素研究の新しいパラダイムを求めて-

Research Project

Project/Area Number 22570143
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

虎谷 哲夫  岡山大学, 大学院・自然科学研究科, 教授 (70026318)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 飛松 孝正  岡山大学, 大学院・自然科学研究科, 准教授 (30188768)
森 光一  岡山大学, 大学院・自然科学研究科, 助教 (50379715)
Keywords酵素 / 酵素反応 / 酵素の触媒機構 / システム酵素学
Research Abstract

1.エタノールアミンアンモニアリアーゼの結晶化
ビタミンB12関与ラジカル酵素であるエタノールアミンアンモニアリアーゼは溶解度が低く、結晶化が困難であったが、N末端側数十残基を欠失させることで溶解度が増したので、シアノB12との複合体の結晶化条件を確立した。
2.エタノールアミンアンモニアリアーゼの立体構造解析
N末端側数十残基欠失エタノールアミンアンモニアリアーゼとシアノB12の複合体の結晶構造を解析し、(αβ)6のサブユニット構造を取ること、B12は塩基配位型で結合することなどを示した。また、アデニニルB12との複合体の構造も解き、モデリングにより補酵素のCo-C結合活性化機構やラジカルの基質への接近の機構を明らかにした。
3.エタノールアミンアンモニアリアーゼの立体化学経路の解明
2-アミノ-1-プロパノールのR体およびS体との複合体の結晶構造を解析し、モデリングによって求めた補酵素由来ラジカルの位置と合わせて、標識実験の結果を説明できる本酵素の立体化学経路を解明した。
4.ジオールデヒドラターゼの基質結合金属イオンの同定
ビタミンB12関与ラジカル酵素であるジオールデヒドラターゼは補酵素のアデニン部結合部位近傍と基質結合に関与する2つの金属イオンをもつ。これらはカリウムイオンと同定されていたが、後者は配位距離がカルシウムイオンに近かった。生化学実験の結果、基質結合金属イオンをカルシウムと再同定し、その役割も解明した。
5.ジオールデヒドラターゼ再活性化因子の作用機構の研究
ジオールデヒドラターゼ再活性化因子が複数の酵素分子から損傷コファクターを解離させることにより触媒的に再活性化することを示す証拠を得た。よって、この因子は「再活性化酵素」とも呼ぶべき酵素であると言える。また、酵素とこの因子の間の複合体形成はサブユニットスワッピングによって起こることも明らかにした。

  • Research Products

    (10 results)

All 2011 2010

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] How coenzyme B_<12>-dependent ethanolamine ammonia-lyase deals with both enantiomers of 2-amino-1-propanol as substrates : structure-based rationalization2011

    • Author(s)
      Naoki Shibata
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: VOL.50 Pages: 591-598

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, crystallization and preliminary X-ray crystallographic study of ethanolamine ammonia-lyase from Escherichia coli2010

    • Author(s)
      Naoki Shibata
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: VOL.66 Pages: 709-711

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of ethanolamine ammonia-lyase complexed with coenzyme B_<12> analogs and substrates2010

    • Author(s)
      Naoki Shibata
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: VOL.285 Pages: 26484-26493

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coenzyme B_<12>-dependent diol dehydratase is a potassium ion-requiring calcium metalloenzyme : evidence that the substrate-coordinated metal ion is calcium2010

    • Author(s)
      Tetsuo Toraya
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: VOL.49 Pages: 7210-7217

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diol dehydratase-reactivating factor is a reactivase-evidence for multiple turnovers and subunit swapping with diol dehydratase2010

    • Author(s)
      Koichi Mori
    • Journal Title

      FEBS Journal

      Volume: VOL.277 Pages: 4931-4943

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] B_<12>補酵素関与エタノールアミンアンモニアリアーゼの精密触媒機構と立体化学経路2011

    • Author(s)
      虎谷哲夫
    • Organizer
      ビタミンB研究委員会第423回研究協議会
    • Place of Presentation
      東京商工会議所ビル(東京都)
    • Year and Date
      2011-02-05
  • [Presentation] B_<12>補酵素関与エタノールアミンアンモニアリアーゼの立体構造に基づく立体化学経路の解明2010

    • Author(s)
      虎谷哲夫
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場・神戸国際展示場(兵庫県)
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] 大腸菌YgfD蛋白質はB_<12>補酵素関与メチルマロニルCoAムターゼの再活性化因子である2010

    • Author(s)
      森光一
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際展示場(兵庫県)
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] B_<12>補酵素関与ジオールデヒドラターゼはカリウムイオン依存性のカルシウムメタロエンザイムである:基質結合金属イオンの再同定2010

    • Author(s)
      虎谷哲夫
    • Organizer
      ビタミンB研究委員会第422回研究協議会
    • Place of Presentation
      京都市国際交流会館(京都府)
    • Year and Date
      2010-11-27
  • [Presentation] B_<12>補酵素関与エタノールアミンアンモニアリアーゼの立体構造と変異導入に基づく触媒機構の解析2010

    • Author(s)
      虎谷哲夫
    • Organizer
      日本ビタミン学会第62回大会
    • Place of Presentation
      いわて県民情報交流センター(岩手県)
    • Year and Date
      2010-06-12

URL: 

Published: 2012-07-19  

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