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2010 Fiscal Year Annual Research Report

タンパク質と薬剤の結合自由エネルギー評価法の開発

Research Project

Project/Area Number 22570160
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

神谷 成敏  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 (80420462)

Keywords構造・機能予測
Research Abstract

1プログラムの並列化:ドッキングを高速化するために、同法が実装されている分子動力学(MD)計算プログラムprestoのMPIによる並列化と単純並列化を行った。MPIによる並列化では、先行研究のリゾチームと糖の系(総原子数=3268)と3に示す抗原と抗体の系(総原子数=11371)に対して、それぞれ、1 CPUと4 CPUの実行時間の比を求めた。リゾチームと糖の系では2.20倍、抗原と抗体の系では2.91倍に加速され、特に原子数の多い系で並列化が有効であることがわかった。単純並列化では、アラニン10残基からなるペプチドに対して、1本の長いマルチカノニカルMD(McMD)と複数本の短いMcMDから得られた自由エネルギー地形が同等であることが示された。2血液凝固因子FXaと阻害剤とのドッキングMcMD : FXaと高い親和性をもつ阻害剤(リガンド1)と低い親和性をもつ阻害剤(リガンド2)に対して電子状態解析を行い、シミュレーションに用いるパラメータを作成した。FXaとリガンド1のMcMDが完了し、常温における構造アンサンブルを得た。常温のアンサンブル中には、報告されている複合体の結晶構造に非常に近い(リガンドのrmsd<1Å)の構造が含まれ、複合体予測に成功した。また、リガンド解離状態から結合状態への経路が求められ、この経路に沿ってリガンド1と2のFXaとの結合自由エネルギーを算出したところ、実験で得られている親和性を定性的に再現する結果が得られた。3抗原一抗体間のシミュレーション:抗ダンシル抗体のMDシミュレーションを行い、抗体の抗原認識部位の構造変化がポピュレーションシフトモデルによって説明されることを示した。抗ダンシル抗体とその抗原であるダンシルリシンのドッキングシミュレーションを行った。必要な計算の1/2ほどが終了している。

  • Research Products

    (4 results)

All 2011 2010

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Theory for tribial trajectory parallelization of multicanonical molecular dynamics and application to a polypeptide in water2011

    • Author(s)
      Jinzen Ikebe, et al.
    • Journal Title

      J.Comput.Chem.

      Volume: 32 Pages: 1286-1297

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Conformational transitions in the CDRH3 region of the anti-dansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations2010

    • Author(s)
      Narutoshi Kamiya, et al.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学・川内北キャンパス(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] Structural transitions in the CDRH3 region of the anti-dansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations2010

    • Author(s)
      Narutoshi Kamiya, et al.
    • Organizer
      CBI Sceiety 2010
    • Place of Presentation
      学術総合センター(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2010-09-15
  • [Presentation] 単純並列化マルチカノニカル分子動力学法のサンプリング効率の向上2010

    • Author(s)
      池部仁善, 他
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2010-06-16

URL: 

Published: 2012-07-19  

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