2011 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
22590300
|
|---|
| Research Institution | Yamagata University |
|---|
Principal Investigator |
田宮 元 山形大学, 医学部, 教授 (10317745)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
植木 優夫 山形大学, 医学部, 助教 (10515860)
|
|---|
| Keywords | 遺伝子×遺伝子相互作用 / SNPs / ゲノムワイド関連解析 / 変数選択 / モデル選択 / 高次元変数選択 / SNP-GWAS / 量的形質 |
|---|
| Research Abstract |
平成23年度には、高速な高次元変数選択法を実装したゲノムワイドのSNP用の相互作用解析ソフトウェアについて、量的形質を応答変数に許すバージョンと環境変数を説明変数に許すバージョンを新規に開発した。計算を高速化するために、GPGPUテクノロジーを利用した。このソフトウェアは、世界で初めて高次元変数選択法を採用したゲノムワイド遺伝子間相互作用解析・遺伝子×環境のソフトウェアである。これまで世界ではゲノムワイド遺伝子間相互作用を可能にするソフトウェアはほとんど存在せず、存在したとして統計的仮説検定を利用した非常に保守的で極端に偽陰性率の高いアルゴリズムのものばかりであった。また計算機負荷が高く、一般的な計算機資源では実行が困難であった。対照的に、我々のソフトウェアは変数選択・モデル選択の原理を利用することで過剰な保守性に陥らず柔軟に相互作用を取り出すことを可能にするものであり、計算機実装も安価で高速なGPUテクノロジーを用いた。また平成23年度には、平成22年度に疾患二値形質を応答変数とするバージョンについて査読付き英文雑誌に論文発表を行い、さらには知的財産権の確保のため、特許出願を行った。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
計算実行時間が予想の10倍近く高速化できたため、WTCCCのデータ分析が予想以上に迅速に行えたために研究を更に応用面まで進めることが出来た。
|
| Strategy for Future Research Activity |
過去2年間の成果を更に原著論文化して出版する。WEB実行可能なバージョンを開発する。
|
-
-
[Journal Article] Epistatic interaction between TLR3 and PTGER3 genes2012
Author(s)
Ueta U, Tamiya G, Tokunaga T, Sotozono C, Ueki M, Sawai H, Inatomi T, Matsuoka T, Akira S, Narumiya S, Tashiro K, Kinoshita S
-
Journal Title
J Allergy Clin Immunol
Volume: (in press)
Peer Reviewed
-
-
[Journal Article] Impair Polymorphism of proinflammatory cytokine genes and albuminuria in the Japanese general population : the Takahata study2011
Author(s)
Mashima Y, Konta T, Kudo K, Suzuki K, Ikeda A, Ichikawa K, Shibata Y, Watanabe T, Tamiya G, Kato T, Kawata S, Kubota I
-
Journal Title
Internal Med
Volume: 26(12)
Pages: 3902-3907
Peer Reviewed
-
-
