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2011 Fiscal Year Annual Research Report

アクチンフィラメントの分子構造ダイナミクス解析によるメカノセンサー機構の解明

Research Project

Project/Area Number 22616002
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

井上 康博  京都大学, 再生医科学研究所, 准教授 (80442929)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 北條 正樹  京都大学, 工学研究科, 教授 (70252492)
西川 雅章  京都大学, 工学研究科, 准教授 (60512085)
Keywordsアクチンフィラメント / メカノバイオロジー / メカノセンサー / 分子動力学 / シミュレーション
Research Abstract

本研究課題では,アクチンフィラメントのメカノセンサー機構について,その分子的メカニズムの解明を行うことを目指している.本年度は,(1)分子動力学シミュレーションにより,張力作用下のアクチンフィラメントの立体構造を解析した.結果,アクチンフィラメントに作用する張力は,フィラメント軸方向の伸び変形に加え,2重らせん構造に起因したねじりが生じることが明らかとなった.加えて,その捩れ変形の方向は,アクチン脱重合因子コフィリンの結合による捩れ方向とは逆向きに生じることがわかった,また,張力作用下の熱ゆらぎによる捩れ方向の振動振幅は非作用下のそれに比して減少することが確認された.これらのことから,アクチンとアクチン修飾タンパク質との間の相互作用およびその集積した結果である結合・解離のキネティクスに対して,力が影響を及ぼす機構として,アクチンフィラメントの立体構造や準安定状態の出現頻度を変化させることによる可能性が示唆された.これにより,アクチンフィラメントのメカノセンサー作動機構の分子実体に迫るための重要な知見が得られたものと期待ざれる.そこで,(2)アクチンーコフィリン複合体(アクトコフィリン)を対象に,張力がタンパク質問相互作用を変調する分子機構を詳細に検討するため,アクトコフィリンフィラメントの分子動力学モデルを構築した.今後,本モデルを用いて,張力作用よるエネルギーの変化ならびに結合を担うアミノ酸残基を検討することにより,メカノセンサーを担う分子的実体の解明を目指す.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題では,アクチンフィラメントのメカノセンサー機構について,その分子的メカニズムの解明を行うことを目指している.当初予定した計画通り,他のタンパク質との相互作用を変調する機構の分子的実体に迫るための基盤的な知見が得られた.本年度は,張力作用によるアクチンフィラメントの立体構造変化の知見を,原子1つ1つが見えるスケールから得ることができた.さらに,そのようなスタティックな変化のみならず,アクチンフィラメントの熱ゆらぎによる変形振動の振幅自体も張力作用によって変化することが明らかとなった.このことは,単にメカノセンサーの作動機構を立体構造変化の観点から捉えるだけでは不十分であり,タンパク質間の結合・解離のトリガーとなるキネティクスに対しても,力学的な力が介入する仕組が存在することを示唆する重要な知見が得られたと期待される.

Strategy for Future Research Activity

アクチンーコフィリン間の相互作用を対象に,分子動力学シミュレーションを援用した解析により,メカノセンサーを担うアミノ酸残基およびドメインの特定を行い,アクチンフィラメントのメカノセンサー作動機構の分子的実体について解明を目指す.また,力学的な力作用によるアクチンフィラメントの熱ゆらぎの変化と結合・解離のキネティクスの変調について統計力学的な観点から考察を行い,メカノセンサー作動機構の多面的な理解を目指す.

  • Research Products

    (24 results)

All 2012 2011

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (18 results)

  • [Journal Article] Quantitative analysis of extension-torsion coupling of actin filaments2012

    • Author(s)
      Shinji Matsushita, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 420 Pages: 710-713

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bbrc.2012.02.048

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Soft-core interaction between entanglement segments for primitive chain network simulations2012

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Takashi Uneyama, Yasuhiro Inoue, Yuichi Masubuchi, Masaki Hojo
    • Journal Title

      Nihon Reoroji Gakkaishi

      Volume: 40 Pages: 21-30

    • DOI

      10.1678/rheology.40.21

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of tensile force on the mechanical behavior of actin filament2011

    • Author(s)
      Shinji Matsushita, Yasuhiro Inoue, Masaki Hojo, Masahiro Sokabe, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Journal of Biomechanics

      Volume: 44 Pages: 1776-1781

    • DOI

      DOI:10.1016/j.jbiomech.2011.04.012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Adcances in Experiments and Modeling in Micro- and Nano-Biomechanics: A Mini Review2011

    • Author(s)
      Mian Long, Masaaki Sato, Chwee Teck Lim, Jianhua Wu, Taiji Adachi, Yasuhiro Inoue
    • Journal Title

      Cellular and Molecular Bioengineering

      Volume: 4 Pages: 327-339

    • DOI

      DOI:10.1007/s12195-011-0183-x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coase-grained Brownian rathcet model of membrane protrusion on cellular scale2011

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Biomechanics and Modeling in Mechanobiology

      Volume: 10 Pages: 495-503

    • DOI

      10.1007/s10237-010-0250-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modeling myosin-dependent rearrangement and force generation in an actomyosin network2011

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue, Shunsuke Tsuda, Koji Nakagawa, Masaki Hojo, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 281 Pages: 65-73

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2011.04.004

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Three-dimensional vertex model for simulating large deformation of cell aggregates during tissue morphogenesis2012

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, Taiji Adachi
    • Organizer
      CDB Symposium 2012 : Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      理化学研究所CDB
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] Cofilactin Filament Model for Molecular Dynamics Simulation2012

    • Author(s)
      Tetsuya Fujii, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Molecular Dynamics Simulation Study of Mechanical Behavior of Actin Subunits in the Actin Filament2012

    • Author(s)
      Yoshiaki Kondo, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Trabecular Remodeling Simulation Considering Bone Remodeling Cycle2012

    • Author(s)
      Kentaro Takenaka, Hiroki Ishibashi, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Mathematical Modeling and Simulation of Mechanical Behavior of Cell during Cytokinesis2012

    • Author(s)
      Koji Nakagawa, Yasuhiro Inoue, Satoru Okuda, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Three-dimensional vertex model for simulating large deformation of cell aggregates during tissue morphogenesis2012

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] SIMULATION OF MYOSIN-DEPENDENT REARRANGEMENT AND FORCE GENERATION IN AN ACTOMYOSIN NETWORK2012

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue, Shunsuke Tsuda, Koji Nakagawa, Masaki Hojo, Taiji Adachi
    • Organizer
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • Place of Presentation
      サンディエゴ(アメリカ)
    • Year and Date
      2012-02-27
  • [Presentation] MOLECULAR DYNAMICS ANALYSIS OF COUPLING BEHAVIORS BETWEEN EXTENSION AND TORSION OF ACTIN FILAMENTS2012

    • Author(s)
      Shinji Matsushita, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • Place of Presentation
      サンディエゴ(アメリカ)
    • Year and Date
      2012-02-27
  • [Presentation] 組織発生の形態形成過程における細胞の分裂と成長のモデル化2012

    • Author(s)
      奥田覚, 井上康博, 永樂元次, 笹井芳樹, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2012-01-08
  • [Presentation] 吸収腔の移動に着目した骨リモデリングシミュレーション2012

    • Author(s)
      石橋弘輝, 井上康博, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2012-01-07
  • [Presentation] 細胞質分裂における収縮環の力発生と細胞膜変形との関連:力学シミュレーションによる検討2012

    • Author(s)
      中川光司, 井上康博, 奥田覚, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2012-01-07
  • [Presentation] アクチン細胞骨格の動力学シミュレーション2011

    • Author(s)
      井上康博
    • Organizer
      日本バイオインフォマティクス学会応用システムバイオロジー研究会
    • Place of Presentation
      理化学研究所計算科学研究機構(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-07
  • [Presentation] Particulate-based simulation of myosin-dependent rearrangement dynamics of actomyosin networks2011

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue
    • Organizer
      International Symposium on Mechanobiology
    • Place of Presentation
      上海(中国)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-06
  • [Presentation] 細胞分裂における収縮環による細胞変形のシミュレーション2011

    • Author(s)
      中川光司, 井上康博, 奥田覚, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第22回バイオフロンティア講演会
    • Place of Presentation
      アスト津(三重県)
    • Year and Date
      2011-10-08
  • [Presentation] Physical and geometrical improvements of three-dimensional vertex model for simulating morphogenetic dynamics of multicellular tissue in development2011

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, Taiji Adachi
    • Organizer
      Exciting biology series : Biology at the interface
    • Place of Presentation
      理化学研究所CDB
    • Year and Date
      2011-09-29
  • [Presentation] シート状多細胞組織の形態発生に関する数理モデルの検討2011

    • Author(s)
      奥田覚, 井上康博, 永樂元次, 笹井芳樹, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会2011年度年次大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2011-09-13
  • [Presentation] アクチンフィラメントの・引張-ねじり連成挙動の評価2011

    • Author(s)
      松下慎二, 井上康博, 曽我部正博, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会2011年度年次大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2011-09-13
  • [Presentation] アクチン細胞骨格のバイオメカニクスシミュレーション2011

    • Author(s)
      井上康博
    • Organizer
      第14回信州大学超精密技術センター講演会
    • Place of Presentation
      信州大学(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-02

URL: 

Published: 2013-06-26  

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