2012 Fiscal Year Annual Research Report
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22654016
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
平岡 裕章 九州大学, マス・フォア・インダストリ研究所, 准教授 (10432709)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
泉 俊輔 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (90203116)
大西 勇 広島大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (30262372)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 圧縮率 / パーシステントホモロジー群 / 最小生成元 / Wasserstein距離 |
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| Research Abstract |
今年度は昨年度得られたパーシステント図を用いたタンパク質圧縮率の特徴付けについて，さらなる考察をすすめた．まずトポロジカルな定量化で得られた線型相関に適合しないタンパク質についてその幾何構造を調べ，またProtein Data Bank内のデータと圧縮率実験測定での環境の違いを調べた．また圧縮率の定量化と同様の手法をタンパク質H/D交換率の問題へ応用し，同じく線型相関を示す定量化を得ることに成功した．これらの成果は現在論文にまとめられ投稿中である．
一方，最小生成元探査問題については，線型計画法のソフトウェアを用いて高速数値計算を進める環境を整えた．特にPersistent Homologyの計算出力から自動的に最小生成元を計算する枠組みを完成させ，より汎用的に使えるシステムが構築できた．
また，パーシステント図の空間に定まる距離関数を用いて，パーシステントホモロジー群の立場からタンパク質の分類問題を考察した．具体的にはWasserstein距離を用いてパーシステント図間の距離を計算し，そこから得られる距離行列より木を構成することで，分類を試みた．距離行列から木を構成するアルゴリズムは遺伝系統樹の問題で開発されている手法を用いた．これにより，従来タンパク質の分類はアミノ酸の１次元配列情報をもちいた遺伝系統樹のみであったが，タンパク質の立体構造に着目した分類手法を提案することに成功した．
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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