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2010 Fiscal Year Annual Research Report

ハテナ・アレニコラの次世代シーケンスを用いた核ゲノム解析

Research Project

Project/Area Number 22657024
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

井上 勲  筑波大学, 生命環境系, 教授 (70168433)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中山 剛  筑波大学, 生命環境系, 講師 (40302369)
Keywordsゲノム / 進化
Research Abstract

二次共生の初期段階にあると考えられるHatena arenicola(以下ハテナ)を採集するため、和歌山県の砂浜で採集を行なった。得られた細胞をマイクロピペット法により分離し、抗生物質の入った培地で数日間培養することによって,細胞に付着する細菌および食胞に含まれる餌生物の除去を行なった。その後、1細胞のハテナを用いて、全ゲノム増幅試薬により、1st・2ndの2回の反応を経て,ハテナ全ゲノムの増幅を行なった。ハテナのゲノムが適切に増幅されていることを調べるため,18SrDNAプライマーを用いて,そのクオリティチェックを行った。しかしながら,ハテナ18SrDNAの増幅が認められたサンプルは1つもなかった。そこで,ハテナ複数細胞を用いて,同様に1st・2ndの全ゲノム増幅を行った。その結果,2サンプルにおいて,ハテナ18SrDNAの配列が確認された。ハテナ18SrDNAの配列が確認された2サンプルについて,Roche Genome Sequencer FLX Titaniumを用いて,各々252,613リード,168,607リードを取得した。それぞれのリードをNewblerでアセンブルし,各々741本のコンティグ・45,704本のシングルトン,7,397本のコンティグ・52,256本のシングルトンを得た。これらの配列をBLASTxで,データベース上の配列と相同性検索をした結果,1つのサンプルは配列のほとんどがBovinにヒットし,何らかの細胞が実験過程でコンタミネーションした可能性が示唆された。もう1つのサンプルからは,ハテナおよびその共生藻と思われる配列が得られた。今回取得した配列数では情報量が少ないため,2つ目のサンプルを作ったときと同じ1st産物を使い,2nd全ゲノム増幅を行った。このサンプルを外注に出し,Roche Genome Sequencer FLX+にて,589,004リードを取得した。

  • Research Products

    (4 results)

All 2011 2010

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Symbiotic Chlorella vulgaris of the ciliate Paramecium bursaria plays an important role in maintaining perialgal vacuole membrane functions2011

    • Author(s)
      Y Kodama, I Inouye & M Fujishima
    • Journal Title

      Protist

      Volume: 162 Pages: 288-303

    • DOI

      DOI:10.1016/j.protis.2010.06.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Taxonomy of Nephroselmis viridis sp.nov.(Nephroselmidophyceae, Chlorophyta), a sister marine species to freshwater N.olivacea2010

    • Author(s)
      Haruyo Yamaguchi, Shoichiro Suda, Takeshi Nakayama, Richard N Pienaar, Isao Inouye
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: 124 Pages: 49-62

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] NBRP「藻類」:未来を支える藻類リソース2010

    • Author(s)
      笠井文絵, 川井浩史, 井上勲, 中山剛, 河地正伸, 中山卓郎, 石渡邉信, 山岸隆博, 石田健一郎, 渡邉信
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場
    • Year and Date
      20101207-10
  • [Presentation] NBRP「藻類」:日本における藻類の収集・保存・提供-ナショナルバイオリソースプロジェクトの活動2010

    • Author(s)
      河地正伸, 川井浩史, 井上勲, 中山剛, 石田健一郎, 渡邉信, 羽生田岳昭, 山岸隆博, 甲斐厚, 中山卓郎, 笠井文絵
    • Organizer
      第62回日本工学会大会
    • Place of Presentation
      宮崎市シーガイア
    • Year and Date
      20101027-20101029

URL: 

Published: 2013-06-26  

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