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2010 Fiscal Year Annual Research Report

多数の核ゲノムコード遺伝子座を標的にした分子系統解析の試み

Research Project

Project/Area Number 22657060
Research InstitutionNagoya City University

Principal Investigator

熊澤 慶伯  名古屋市立大学, 大学院・システム自然科学研究科, 教授 (60221941)

Keywords分子系統 / 次世代シーケンサ / 爬虫類 / ヘビ類 / 核ゲノム / cDNA
Research Abstract

核ゲノムにコードされる遺伝子には一般にイントロンが含まれるため、そのcDNA全長塩基配列を複数の動物種から迅速に並列解読して分子系統解析を行うことは従来容易でなかった。本研究では、その目的のために次世代シーケンサーを用いたアプローチを試みる。平成22年度は、シマヘビ(ナミヘビ科)の肝臓からmRNAを調製してランダムプライマーからの逆転写を行い、Roche GS FLX型次世代シーケンサーによって約21万readのcDNA断片塩基配列を決定した。これらをアセンブルさせBLAST解析を行ったところ、200以上の遺伝子座のcDNA塩基配列を迅速かつ正確に決定できた。これらは主として高発現のハウスキーピング遺伝子から成るが、中には組織特異的な発現パターンを示すと思われる遺伝子も含まれていた。もっと発現量が少ない遺伝子では十分なread数が得られず、次世代シーケンサーのデータだけからcDNA全長塩基配列を決定することは困難であった。しかし、得られた部分配列データに基づきRACE法を適用することで、cDNA全長塩基配列を比較的容易に決定できた。これらの遺伝子座の中には、脊椎動物の広範な分類群においてゲノム中で単一コピーである、適度な速度で分子進化するなどいくつかの要件に照らして、分子系統解析に適すると判断されるものが相当数含まれていた。今後、本研究のアプローチを爬虫類の他の分類群にも適用して、得られたデータをシマヘビのデータと併せて分子系統解析を行いたい。

  • Research Products

    (14 results)

All 2010 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (9 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Mitochondrial genomes of acrodont lizards : timing of gene rearrangements and phylogenetic and biogeographic implications.2010

    • Author(s)
      Okajima, Y., Kumazawa, Y.
    • Journal Title

      BMC Evolutionary Biology

      Volume: 10 Pages: 141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 進化学のすすめ2010

    • Author(s)
      熊澤慶伯
    • Journal Title

      Annual Review 2009. Graduate School of Natural Sciences, Nagoya City University

      Volume: 14 Pages: 35-43

  • [Presentation] W染色体反復配列の比較染色体マッピングと性染色体連鎖遺伝子の系統解析から推定されたヘビにおける性染色体の分化過程2010

    • Author(s)
      松原和純、鳥羽通久、山田和彦、西田千鶴子、松田洋一、熊澤慶伯
    • Organizer
      第61回染色体学会年会
    • Place of Presentation
      東邦大学(船橋市)
    • Year and Date
      2010-11-07
  • [Presentation] ヘビ亜目における性染色体の分化過程2010

    • Author(s)
      松原和純、鳥羽通久、樽井寛、山田和彦、西田千鶴子、阿形清和、松田洋一、熊澤慶伯
    • Organizer
      日本遺伝学会第82回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌市)
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] 中-新生代の大陸移動と爬虫類の進化2010

    • Author(s)
      熊澤慶伯
    • Organizer
      日本進化学会第12回大会・シンポジウム「大陸移動と動物の進化2億年」
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
    • Year and Date
      2010-08-05
  • [Presentation] cDNAマッピングとGC3含量にもとづくヘビゲノムにおけるモザイク構造の推定2010

    • Author(s)
      松原和純、工樂樹洋、樽井寛、西村理、西田千鶴子、阿形清和、松田洋一、熊澤慶伯
    • Organizer
      日本進化学会第12回大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
    • Year and Date
      2010-08-05
  • [Presentation] 小笠原固有種ネブトクワガタはどこから来たか?2010

    • Author(s)
      松浦宏典、川添和英、熊澤慶伯
    • Organizer
      日本進化学会第12回大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
    • Year and Date
      2010-08-04
  • [Presentation] A phylogeographic analysis of the air sac catfishes of the Heteropneustes fossilis species complex (Heteropneustidae : Siluriformes)2010

    • Author(s)
      Ratmuangkhwang S., Musikasinthorn P., Kumazawa Y.
    • Organizer
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • Place of Presentation
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • Year and Date
      2010-08-02
  • [Presentation] Molecular phylogeny and biogeography of lizards.2010

    • Author(s)
      Kumazawa Y., Okajima Y.
    • Organizer
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010"Genome, Evolution and Environment"
    • Place of Presentation
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • Year and Date
      2010-08-01
  • [Presentation] Sex chromosome evolution in snakes2010

    • Author(s)
      Matsubara K., Toriba M., Tarui, H.Yamada K., Nishida C., Agata K., Matsuda Y., Kumazawa Y.
    • Organizer
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • Place of Presentation
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • Year and Date
      2010-08-01
  • [Presentation] DNA barcode of the Japanese click beetles (Coleoptera : Elateridae)2010

    • Author(s)
      Oba Y., Ohira H., Moriyama A., Kumazawa Y.
    • Organizer
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • Place of Presentation
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • Year and Date
      2010-08-01
  • [Book] 古生物学事典 第2版2010

    • Author(s)
      熊澤慶伯
    • Total Pages
      211, 338, 444-445, 476-477(584)
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] 生物の事典2010

    • Author(s)
      熊澤慶伯
    • Total Pages
      43-45, 47-49(560)
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~kuma/index.html

URL: 

Published: 2012-07-19  

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