2011 Fiscal Year Annual Research Report
microUPD検出による発生初期胚のDNA修復機構の解析
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22659071
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
吉浦 孝一郎 長崎大学, 大学院・医歯薬学総合研究科, 教授 (00304931)
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| Keywords | 片親性ダイソミー / uniparental disomy / Human Whole Genome SNP6.0 / 全ゲノムシーケンス |
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| Research Abstract |
目的は,受精卵発生初期の組み換え修復機構に注目し,その存在を明らかにするとともに,修復機構エラーによる疾患発症のメカニズムを明らかにすることを目的とする。様々な示唆的データから親子による遺伝情報(DNA)の受け渡しに際して,受精直後のDNA修復機構の関与により片親性ダイソミー(UPD)が発生するのではないかと考えた。本最終年度は,全ゲノム塩基配列データが発表されているHapMap試料を解析対象として全ゲノムシーケンスデータを詳細に検討し,UPDが全ゲノムあたりどれくらいの頻度で発生するのかを検討した。
HapMap試料の中で全ゲノムシーケンスの生データがトリオで公開されていて且つDNAが入手可能なCEUとYRIのそれぞれ1トリオを解析対象とした。Public data baseからBAM fileデータをダウンロード後に,塩基置換部位でUPDが確認出来る組み合わせ(AAxAB->BB,AAxBB->AAorBB)を抽出することによってUPD領域を検索した。塩基配列の確からしさの基準としてMapping Quality(MQ)>40を採用し,UPD候補部位を選別した。CEUトリオにおいて100か所,YRIにおいて178か所の部位がUPDである可能性が残された。capillaryシーケンサーによる確認の結果,CEU,YRIともに1か所残し,次世代シーケンサーによる塩基配列決定の間違いであった。残り1か所をリアルタイムPCR法によって検証したところその部位は,片親から欠失が伝達されているhemizygousであることが判明した。従って今回の全ゲノムデータを利用した解析では,正常トリオ解析で短い範囲のUPDは確認されなかった。UPDが疾患原因となっている現象がしばしば報告されるが,通常の発生・発達で起こるほど頻度が高い現象ではないことが確認された。
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[Journal Article] Epidemiology of human papillomavirus genotypes in pregnant Japanese women2011
Author(s)
Yamasaki K, Miura K, Shimada T, Miura S, Abe S, Murakami M, Sameshima T, Fujishita A, Kotera K, Kinoshita A, Yoshiura K, Masuzaki H.
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: 56(4)
Pages: 313-315
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[Journal Article] Clinical application of fetal sex determination using cell-free fetal DNA in pregnant carriers of X-linked genetic disorders2011
Author(s)
Miura K, Higashijima A, Shimada T, Miura S, Yamasaki K, Abe S, Jo O, Kinoshita A, Yoshida A, Yoshimura S, Niikawa N, Yoshiura K, Masuzaki H.
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: 56(4)
Pages: 296-299
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[Journal Article] SMOC1 Is Essential for Ocular and Limb Development in Humans and Mice2011
Author(s)
Okada I, Hamanoue H., Terada K, Tohma T, Megarbane A, Chouery E, Abou-Ghoch J, Jalkh N, Cogulu O, Ozkinay F, Horie K, Takeda J, FuruichiT, Ikegawa S, Nishiyama K, Miyatake S, Nishimura A, Mizuguchi T, Niikawa N, Hirahara F, Kaname T, Yoshiura K, Tsurusaki
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Journal Title
Am J Hum Genet
Volume: 88(1)
Pages: 1-12
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