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2011 Fiscal Year Annual Research Report

複数のモジュールで構成されるシグナル伝達経路の適応性、振動性及び周波数特性の解析

Research Project

Project/Area Number 22680024
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

澤井 哲  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 准教授 (20500367)

Keywords振動 / 適応 / 粘菌 / モジュール / シグナル伝達 / ネットワーク / ライブセルイメージング / 自己組織化
Research Abstract

粘菌細胞が互いに集合する際に用いる誘因物質サイクリックAMP(cAMP)は、細胞外cAMPの刺激によって細胞内で新たに生成され、放出される。この応答が細胞間でそろい、振動と波となって伝播し、細胞が移動する向きをガイドしている。この発生機構について初年度にサイエンス誌に論文として発表したばかりであるが、特に1細胞レベルの応答と集団レベルでの応答の関係や、可視化することで得られた新知見についての歴史的観点からの位置づけを整理したものを、次年度に査読ありのレビュー論文として報告した。また、初年度特徴づけたcAMP応答の適応からの回復、「脱適応」の時間依存性、濃度依存性について、PHドメインタンパクCRACの膜への局在化を含めて位相応答曲線としての特徴づけをおこなった。またこれと並行して、cAMP受容体の変異株についても同様の可視化法によって生細胞イメージングによりcAMP応答を解析した。前者の性質は細胞間の同期のとりやすさと関係しており、現在その意義について解析している。後者は生化学的アッセイと含めて、応答の適応が受容体の変異によって異常を示すことが明らかになりつつあり、海外の共同研究者との共著論文を準備中である。さらに、CRACの膜への局在かの空間的な非一様性について、自由にはいまわっている状態の細胞における動態を解析し、これら自発的な状態遷移の周期性と適応がcAMP応答と同じ5-6分周期であることをつきとめた。理論的な解析については、相対的な濃度変化への応答を実現するための最低限のネットワークトポロジーについて議論し、統計推定されたモデルについても取り扱うことで、その性質の起源について考察した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

FRET計測を共焦点顕微鏡撮影できるよう、445nmレーザーの導入を年度当初に予定したいたが、震災の影響で予算が確定しなかったために、実験を先送りにした。また、計画当初の予想以上に微小流路系をもちいて刺激を厳密に与える系の確立が難航した。

Strategy for Future Research Activity

受容体の変異体が示す振る舞いと、アクチン重合による影響が顕著であることから、これらに特に注目し、さらにその関係に焦点をあてて、詳しく解析する。また、適応的な振る舞いについては、海外のグループによって、別の系(大腸菌の走化性)において関連する研究が発表されたため、それとの相違点にも注意して、投稿論文としてまとめたい。

  • Research Products

    (37 results)

All 2012 2011

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (33 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Collective oscillations in developing cells : Insights from simple systems2011

    • Author(s)
      K.Kamino, K.Fujimoto, S.Sawai
    • Journal Title

      Dev.Growth Diff.

      Volume: 53 Pages: 503-517

    • DOI

      10.1111/j.1440-169X.2011.01266.x

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Single-cell fold-change responsiveness and robustness in biological pattern formation2012

    • Author(s)
      神野圭太, 近藤洋平, 澤井哲
    • Organizer
      定量生物学の会第4回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念学術交流館(ポスター発表)
    • Year and Date
      20120108-20120109
  • [Presentation] Mechanism identification of cell signaling dynamics with statistical machine learning2012

    • Author(s)
      近藤洋平, 神野圭太, 石原秀至, 澤井哲, 金子邦彦
    • Organizer
      定量生物学の会第4回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念学術交流館(ポスター発表)
    • Year and Date
      20120108-20120109
  • [Presentation] Information Processing and Self-organization in Developing Cells2012

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      CDB Symposium 2012 on Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(神戸)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-28
  • [Presentation] Mechanism identification of multicellular dynamics with statistical machine learning2012

    • Author(s)
      近藤洋平, 神野圭太, 石原秀至, 澤井哲, 金子邦彦
    • Organizer
      CDB Symposium 2012 on Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(神戸)(ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-03-27
  • [Presentation] A Mathematical Model of Amoeboid Motion in Dictyostelium2012

    • Author(s)
      石原秀至, 谷口大相, 澤井哲
    • Organizer
      CDB symposium2012 Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(神戸)(ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] Robust cell-cell signaling is achieved by fold-change responsiveness of the cells2012

    • Author(s)
      神野圭太
    • Organizer
      CDB Symposium 2012 on Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター(神戸)(ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] 統計的機械学習による細胞ダイナミクスのメカニズム推定2012

    • Author(s)
      近藤洋平, 神野圭太, 石原秀至, 澤井哲, 金子邦彦
    • Organizer
      日本物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学西宮上ヶ原キャンパス(口頭発表)
    • Year and Date
      2012-03-24
  • [Presentation] アメーバの自発的形状変化とリン脂質シグナルの自己組織化パターンとの関係2012

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      分子ロボティクス研究会2月月例会
    • Place of Presentation
      東京工業大学田町キャンパス(招待講演)
    • Year and Date
      2012-02-13
  • [Presentation] Fold-change responsiveness and robust patterning in development2012

    • Author(s)
      神野圭太, 近藤洋平, 澤井哲
    • Organizer
      The Joint symposium by JST/BBSRC Molecular Imaging and Systems Biology
    • Place of Presentation
      東京大学弥生講堂(ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-01-30
  • [Presentation] Extracting core mechanisms of cell signaling dynamics from live-cell imaging data2012

    • Author(s)
      近藤洋平, 神野圭太, 石原秀至, 澤井哲, 金子邦彦
    • Organizer
      The Joint Symposium by JST/BBSRC Molecular Imaging and Systems Biology
    • Place of Presentation
      東京大学弥生講堂(ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-01-30
  • [Presentation] Imaging analysis of self-organization in moving amoebae2012

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      The Joint Symposium by JST/BBSRC Molecular Imaging and Systems Biology
    • Place of Presentation
      東京大学弥生講堂(招待講演)
    • Year and Date
      2012-01-30
  • [Presentation] アメーバ運動を誘起する場のリズムと波2012

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      新学術領域研究「動く細胞と秩序」公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学(招待講演)
    • Year and Date
      2012-01-27
  • [Presentation] 細胞性粘菌の細胞運動の数理モデル2012

    • Author(s)
      石原秀至, 谷口大相, 澤井哲
    • Organizer
      定量生物学の会第4回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念学術交流館(ポスター発表)
    • Year and Date
      2012-01-08
  • [Presentation] Robust response rescaling in cyclic AMP relay response in Dictyostelium cells2011

    • Author(s)
      神野圭太, 近藤洋平, 澤井哲
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] Robust response rescaling in cyclic AMP relay response in Dictyostelium cells2011

    • Author(s)
      神野圭太, 近藤洋平, 澤井哲
    • Organizer
      第34回分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] 中心体・染色体分配におけるSunBタンパクの役割2011

    • Author(s)
      島田奈央, 澤井哲
    • Organizer
      第1回日本細胞性粘菌学会
    • Place of Presentation
      大阪大学バイオ関連多目的施設(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-11-04
  • [Presentation] 細胞運動を支えるシグナル伝達系の2次元パターンのモデル2011

    • Author(s)
      石原秀至, 谷口大相, 大貫武彦, 澤井哲
    • Organizer
      日本物理学会2011年秋季大会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] Temporal organization of chemoattractant field and collective cell migration2011

    • Author(s)
      中島昭彦, 廣瀬滋規, 谷口大相, Gad Shaulsky, Adam Kuspa, 澤井哲
    • Organizer
      The 3rd Bangalore Microscopy Course
    • Place of Presentation
      バンガロー・インド(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-09-18
  • [Presentation] Estimating core designs of signaling networks from live-cell imaging data using a particle filter approach2011

    • Author(s)
      近藤洋平, 神野圭太, 石原秀至, 澤井哲, 金子邦彦
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学書写キャンパス(姫路)(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-09-18
  • [Presentation] Aberrant cAMP responses in huntingtin-null cells in Dictyostelium2011

    • Author(s)
      福神史仁, 安藤智恵, 桑山秀一, 澤井哲
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学書写キャンパス(姫路)(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-09-18
  • [Presentation] Relation between collective cell migration and self-organization of chemoattractant waves2011

    • Author(s)
      中島昭彦, 廣瀬滋規, 谷口大相, Gad Shaulsky, Adam Kuspa, 澤井哲
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学書写キャンパス(姫路)(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Adaptive fold-change detection in chemotactic cells and its underlying network topology2011

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会シンポジウム 生命システムの情報処理
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学書写キャンパス(姫路)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] A particle filter approach for estimating core architectures of signaling networks from live-cell imaging of dynamics2011

    • Author(s)
      Yohei Kondo, Keita Kamino, Shuji Ishihara, Satoshi Sawai, Kunihiko Kaneko
    • Organizer
      The 12th International Conference on Systems Biology
    • Place of Presentation
      ハイデルベルグ・マンハイム・ドイツ(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-08-30
  • [Presentation] いきいきした状態の物理学を目指して2011

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      生物物理若手の会夏の学校メインシンポジウム-生物における運動とエネルギーの物理
    • Place of Presentation
      関西セミナーハウス(京都)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-08-26
  • [Presentation] 細胞と細胞集団にみる自己組織化現象2011

    • Author(s)
      澤井哲
    • Organizer
      基研研究会2011非平衡系の物理-ミクロとマクロの架け橋
    • Place of Presentation
      京都大学基礎物理学研究所(招待講演)
    • Year and Date
      2011-08-19
  • [Presentation] 空間的な位相特異点と細胞の形状2011

    • Author(s)
      澤井哲, 石原秀至
    • Organizer
      ワークショップ生物ロコモーションと同期現象
    • Place of Presentation
      グリーンピア大沼(北海道)(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-08-16
  • [Presentation] Roles of SunB in centrosome positioning and nuclear division2011

    • Author(s)
      Nao Shimada, Satoshi Sawai
    • Organizer
      The Annual International Dictyostelium Conference
    • Place of Presentation
      ボルチモア・メリーランド州・米国(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-08-16
  • [Presentation] Single-cell level analysis of adaptive fold-change detection in cAMP relay response2011

    • Author(s)
      Keita Kamino, Yohei Kondo, Satoshi Sawai
    • Organizer
      The Annual International Dictyostelium Conference
    • Place of Presentation
      ボルチモア・メリーランド州・米国(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-08-16
  • [Presentation] Frequency switch in cAMP waves and its relation to cell migration2011

    • Author(s)
      Akihiko Nakajima, Shigenori Hirose, Daisuke Taniguchi, Gad Shaulsky, Adam Kuspa, Satoshi Sawai
    • Organizer
      The Annual International Dictyostelium Conference
    • Place of Presentation
      ボルチモア・メリーランド州・米国(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-08-14
  • [Presentation] Adaptation of cAMP relay response in single Dictyostelium cells2011

    • Author(s)
      Keita Kamino, Koichi Fujimoto, Satoshi Sawai
    • Organizer
      The 5th Annual Q-bio Conference on Cellular Information Processing
    • Place of Presentation
      サンタフェ・ニューメキシコ州・米国(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-08-11
  • [Presentation] Fold-change detection in cAMP relay response in single Dictyostelium cells2011

    • Author(s)
      Keita Kamino, Yohei Kondo, Satoshi Sawai
    • Organizer
      The Fifth Q-bio Summer School on Cellular Information Processing
    • Place of Presentation
      ロスアラモス・ニューメキシコ州・米国(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-08-03
  • [Presentation] Spatial phase singularities and cell shape dynamics2011

    • Author(s)
      Satoshi Sawai
    • Organizer
      International conference on Engineering of Chemical Complexity Mini-symposium-Applications to Cell Biology
    • Place of Presentation
      ダーレム・ベルリン・ドイツ(招待講演)
    • Year and Date
      2011-07-07
  • [Presentation] 自己組織化する集合シグナルと協調的な細胞運動2011

    • Author(s)
      中島昭彦, 廣瀬滋規, 谷口大相, Gad Shaulsky, Adam Kuspa, 澤井哲
    • Organizer
      第11回東京大学生命科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-06-04
  • [Book] 『JT生命誌研究館生命誌季刊号』65-68号「RESEARCH研究を通して-粘菌のふるまいに見る自己組織化の始まり」2012

    • Author(s)
      澤井哲
    • Total Pages
      133-140
    • Publisher
      新曜社
  • [Book] 『細胞工学』Vol.30 12月号「パターン形成リズムのデザイン」2011

    • Author(s)
      澤井哲
    • Total Pages
      1262-1267
    • Publisher
      秀潤社
  • [Book] 『理論生物学-生命科学の新しい潮流』第3章2節「微生物の集団的な振る舞い」(望月敦史・編)2011

    • Author(s)
      澤井哲
    • Total Pages
      116-136
    • Publisher
      共立出版

URL: 

Published: 2013-06-26  

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