2010 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シークエンサーを用いた人工・自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析
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22687021
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
長田 直樹 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 助教 (70416270)
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| Keywords | 進化 / ゲノム / 植物 |
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| Research Abstract |
異なった二種のゲノムが一つになった時に起こる相互作用を明らかにすることが本研究の目的である.異種ゲノム間の相互作用を遺伝子発現のレベルで明らかにするために,モデル生物であるシロイヌナズナの近縁種,Arabidopsis halleriとA.lyrataを材料にして,次世代シークエンサーを用いたトランスクリプトーム解析を行う.これらの二種には自然に発生したと考えられる異質倍数体,A.kamchaticaとその亜種A.k.ssp.kawasakianaが存在することが知られており,日本を含む北半球地域に生息することが知られている.これらの異質倍数体と親種の遺伝子発現様式をゲノムレベルで比較することにより,遺伝子発現の可塑性とそれに働く自然選択を明らかにする.本年度はサンプルの収集および次世代シークエンサーによる遺伝子発現解析を行った.A.kamchaticaとA.kawasakiana一個体ずつを実験室内で成長させ,ゲノムDNAおよび葉のRNA抽出を行った.両方のサンプルについて次世代シークエンサーによる解析を行い,A.lyrataゲノム配列へのマッピングを行った.また,台湾で得られたA.kamchatica個体について倍数性の解析と多座位遺伝子配列の解析を行うことにより,異種間での遺伝子交流があることを示した.
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