• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2011 Fiscal Year Annual Research Report

RNA二次構造を考慮したSNP解析

Research Project

Project/Area Number 22700305
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

佐藤 健吾  慶應義塾大学, 理工学部, 専任講師 (20365472)

KeywordsRNA二次構造 / 一塩基多型
Research Abstract

前年度に開発した二次構造の距離尺度を用いてRNA二次構造を考慮したSNP同定手法を開発した。本手法を大規模SNPデータベースdbSNPに含まれるSNPに適用した結果、スコア上位SNPには難治性の遺伝病が多く含まれていることがわかった。これまでの非同義置換SNPにのみ注目した手法ではこのようなのSNPを発見することは難しい。また、大規模な解析結果から、同義置換SNPやタンパク質非コード領域内のSNPによる二次構造の変異が疾患関連遺伝子において統計的に有意に現れることが示唆された。以上により、本手法の有効性を示すことに成功したと言える。また、本手法をアラインメントにおける二次構造の保存度の計算に応用し、既存の手法に比べてアラインメントの品質に対してロバストであることを示した。すなわち、品質があまり良くないが高速なアラインメントを用いた場合にも十分な精度で二次構造保存度を計算することが可能であり、構造を持つ機能性RNAをゲノムワイドに探索する時に有効な手法となりうる。さらに、本研究の前提となるRNA二次構造予測の精度を向上するために、前年度開発したRNAシュードノット構造を予測する手法を改良して、反復改善法による予測精度向上と共通二次構造予測への拡張を実現した。また、アラインメントされていない配列群から構造アラインメントを計算する手法を開発した。本手法は、整数計画法と双対分解を組み合わせることによって、既存の手法と比べてはるかに高速に構造アラインメントを計算する手法であり、これまでの手法では実現困難だったシュードノットを考慮した構造アラインメントを実現している。

  • Research Products

    (11 results)

All 2012 2011

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] IPknot : fast and accurate prediction of RNA secondary structures with pseudoknots using integer programming2011

    • Author(s)
      Kengo Sato
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 27 Pages: i85-i93

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btr215

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CentroidHomfold-LAST : accurate prediction of RNA secondary structure using automatically collected homologous sequences2011

    • Author(s)
      Michiaki Hamada
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 39 Pages: W100-106

    • DOI

      10.1093/nar/gkr290

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Using binding profiles to predict binding sites of target RNAs2011

    • Author(s)
      Unyanee Poolsap
    • Journal Title

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology

      Volume: 9 Pages: 697-713

    • DOI

      10.1142/S0219720011005628

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Improved measurements of RNA structure conservation with generalized centroid estimators2011

    • Author(s)
      Yohei Okada
    • Journal Title

      Frontiers in Genetics

      Volume: 2 Pages: 54

    • DOI

      10.3389/fgene.2011.00054

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 双対分解によるRNA構造アラインメント2012

    • Author(s)
      佐藤健吾
    • Organizer
      第28回情報処理学会バイオ情報学研究会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2012-03-28
  • [Presentation] Rtips : fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming2011

    • Author(s)
      佐藤健吾
    • Organizer
      第34回分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] Simultaneous aligning and folding RNA sequences by dual decomposition2011

    • Author(s)
      Kengo Sato
    • Organizer
      CBI/JSBi 2011合同大会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場
    • Year and Date
      2011-11-10
  • [Presentation] 機能性RNAのクラスタリング:大規模な配列から2次構造ファミリーを発見する2011

    • Author(s)
      斎藤裕
    • Organizer
      新しいRNA/RNPを見つける会2011
    • Place of Presentation
      フェストーネ(沖縄)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] Rtips : an integrated web server for RNA structure prediction using IP scheme2011

    • Author(s)
      佐藤健吾
    • Organizer
      新しいRNA/RNPを見つける会2011
    • Place of Presentation
      フェストーネ(沖縄)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] RNA-seqによるメダカ機能性RNAのトランスクリプトーム解析2011

    • Author(s)
      阿部雅哉
    • Organizer
      新しいRNA/RNPを見つける会2011
    • Place of Presentation
      フェストーネ(沖縄)
    • Year and Date
      2011-09-15
  • [Presentation] Comprehensive analysis of small non-coding RNAs in medaka transcriptome by deep RNA-seq approach2011

    • Author(s)
      Masaya Abe
    • Organizer
      16^<th> Annual Meeting of the RNA Society
    • Place of Presentation
      京都国際センター
    • Year and Date
      2011-06-17

URL: 

Published: 2013-06-26  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi