2011 Fiscal Year Annual Research Report
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22700314
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
寺師 玄記 北里大学, 薬学部, 講師 (40383658)
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| Keywords | 生体生命情報学 / バイオインフォマティクス / タンパク質間相互作用 |
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| Research Abstract |
平成22年度に新たに開発された、三次元の相互作用部位検索に使用するアルゴリズムの検証を行った。タンパク質の三次元構造を問い合わせにして、局所的な部分構造検索(3-D substructure search)の新たなアルゴリズムを開発し、設定したRMSD値以下の部分構造を網羅的に検索するものである。従来の最も高速であった方法の9～23倍高速であることが検証により明らかになった。この新たなアルゴリズムについて論文を執筆し科学雑誌に投稿した。論文は受理され平成24年度には掲載予定である。このあらたな部分構造検索アルゴリズムをタンパク質間相互作用部位検索プログラムに実装した。
SCOP1.75の11万ドメイン情報から作成されたタンパク質間相互作用データベース(平成22年度に作成)の検索速度を飛躍的に高速化させることができた。
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