2011 Fiscal Year Annual Research Report
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22700319
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
清水 佳奈 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (60367050)
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| Keywords | ゲノム / ギガシークエンサー / アルゴリズム / ショートリード / 類似配列検索 / 編集距離 |
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| Research Abstract |
昨年度は,大量のギガシークエンスデータから類似のペアを超高速に列挙するアルゴリズムを考案し,プロトタイプとなるソフトウェアを実装した.今年度は,ソフトウェアの完成度を高める研究,及び,国内外に成果を発信する活動を行った.昨年度開発したプロトタイプバージョンでは,効果的なアルゴリズムの開発を目的とするため,1CPUでの性能を追求した.これに対し,今年度はデータを効率的に複数のCPUに振り分け,計算の並列化を行うことによって計算速度を向上させる仕組みを者案した.また,intel互換のCPUでは,拡張命令(SSE2)を用いることによってハミング距離の計算のビット並列化を行った.これにより,同じ1CPUを用いた計算において,最大で30倍以上の速度向上を実現した.また,計算機が専門でない実験研究者にも使いやすいように,利便性の高いGUIを開発した.開発したGUIは,複数のOS(Windows,Linux)で動作し,同一のインターフェースを持つ.また,計算結果を数値だけでなく,グラフなど,視覚的に分かりやすい形で出力する.ソフトウェアを普及する活動としては,ISMB2011で口頭発表を行うなどの活動を行った.また,実際に我々が開発したソフトウェアを用いてギガシークエンサーのクラスタリング解析を行っている研究者と意見交換を行うなどして,実用的上有用な機能などについての情報収集を行った.
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Research Products
(2 results)
