2011 Fiscal Year Annual Research Report
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22710189
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
川路 英哉 独立行政法人理化学研究所, 小分子RNA連携ユニット, ユニットリーダー (20525406)
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| Keywords | miRNA / primary miRNA / non-coding RNA / プロモータ / 転写開始点 / RNA silencing / RNA干渉 |
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| Research Abstract |
本研究では、(1)miRNAの産生に関わるDicer,DroshaについてsiRNAによるノックダウンし、そのRNAを(ii)次世代シーケンサを利用して定量的かつ網羅的なプロファイルを行う、ことでmiRNAのプロモータにアプローチする。昨年度は(i)を完了し、(ii)の一部、特にCAGEを用いた転写開始点の定量的なプロファイリングを行った。今年度は、昨年度得ることのできなかったデータ、すなわち細胞質における低分子RNAのプロファイルを行った。これにより、本研究で用いた細胞においてmiRNAが確実に低減していることを確認できた。さらに本データを用いることで、既知miRNAだけでなく未知のmiRNAについてもプロモータと共に同定できる可能性を見いだした。また、Drosha,Dgcr8をノックダウンした細胞について、RNA-seqの追加シーケンスを行った。これはmiRNAのプロモータに加えて前駆体の全体構造を同定することを目的としたものであり、昨年度も一部実施していた。しかしながら、昨年度のデータ量では前駆体の全体構造を把握するのに不十分であったため、今年度は数倍量のシーケンスを取得した。このシーケンス結果をリファレンスゲノムと比較するところまで完了したところである。これら今年度の追加データ取得により、miRNA自身の転写制御を明らかにする基盤データの取得を完了した。
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Research Products
(4 results)
