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2011 Fiscal Year Annual Research Report

水素・重水素移動反応の量子統計力学的第一原理計算

Research Project

Project/Area Number 22750023
Research InstitutionJapan Atomic Energy Agency

Principal Investigator

志賀 基之  独立行政法人日本原子力研究開発機構, システム計算科学センター, 研究副主幹 (40370407)

Keywords第一原理計算 / 分子動力学法 / 経路積分法 / 水素結合 / 同位体効果 / 量子効果 / 温度効果 / プロトン移動
Research Abstract

水素原子の量子性(零点振動・トンネリングなど)は同位体効果など化学的性質に反映される。しかし、通常の「静的な」量子化学計算には原子の量子効果が含まれていないため、大きな構造ゆらぎをもつ水素結合の定量的な構造解析は難しく、実験との詳細な比較が難しいのが現状である。そこで本研究の目的は、原子の量子ゆらぎと温度ゆらぎを厳密に取り扱うことのできる経路積分法を取り入れたab initio計算法を提案・確立し、これを用いて水溶液や核酸塩基対などの水素結合性分子集団やその重水素置換体の熱力学的構造ゆらぎや反応性を理論的に明らかにすることである。
本研究では、ab initio経路積分法を用いて、水素結合性分子集団における水素移動反応のシミュレーションを行い、トラジェクトリデータから反応機構などを解析する。本研究の目的に沿うためには、まず(1)自由エネルギー計算、実時間ダイナミクス、溶媒効果の取り込み、計算の効率化などを行うためにプログラムを整備・拡張する必要がある。それをもとに、(2)並列計算機を用いて、水イオンや核酸塩基対など水素結合性クラスターのab initio経路積分シミュレーションを実行し、可視化用コンピュータで分子動力学トラジェクトリのデータ解析を行う。本年度では(1)の作業を終え、(2)の作業の途中まで進めた。平成24年度はこの研究において、6件の学会発表と6件の論文発表を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究の途中段階において、論文など、成果がすでに出ているため。

Strategy for Future Research Activity

研究は計画通り順調に進んでおり、今後もこのペースで進める予定である。

  • Research Products

    (12 results)

All 2012 2011 2010

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Quantum Proton Transfer in Hydrated Sulfuric Acid Clusters : A Perspective from Semiempirical Path Integral Simulations2011

    • Author(s)
      S.Sugawara, T.Yoshikawa, T.Takayanagi, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 115 Pages: 11486-11494

    • DOI

      10.1021/jp202380h

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear quantum effect on the structure of guanine cytosine pair2011

    • Author(s)
      M.Daido, A.Koizumi, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Theoretical Chemisry Accounts

      Volume: 130 Pages: 385-391

    • DOI

      10.1007/s00214-011-1004-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] On the role of polymer chains in transducing external mechanical forces to benzocyclobutene mechanophores2011

    • Author(s)
      P.Dopieralski, P.Anjukandi, M.Rueckert, M.Shiga, J.Ribas-Arino, D.Marx
    • Journal Title

      Journal of Materials Chemistry

      Volume: 21 Pages: 8309-8316

    • DOI

      10.1039/C0JM03698F

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A concerted mechanism between protron transfer of Zundel anion and displacement of counter cation2011

    • Author(s)
      A.Koizumi, K.Suzuki, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics (communication)

      Volume: 134 Pages: 031101(1-3)

    • DOI

      10.1063/1.3544212

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ab initio経路積分法:量子多体系の第一原理計算2011

    • Author(s)
      志賀基之
    • Journal Title

      Molecular Science

      Volume: 5 Pages: A0038(1-9)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear quantum effect on the dissociation energies of cationic hydrogen clusters2011

    • Author(s)
      M.Sugimoto, M.Shiga, M.Tachikawa
    • Journal Title

      Computational and Theoretical Chemistry

      Volume: 975 Pages: 31-37

    • DOI

      10.1016/j.comptc.2010.11.033

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 量子統計に従ったプロトン移動反応の経路探索III2012

    • Author(s)
      志賀基之, 藤崎弘士
    • Organizer
      日本物理学会年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] 量子統計に従ったプロトン移動反応の経路探索II2011

    • Author(s)
      志賀基之
    • Organizer
      分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県県民ホール
    • Year and Date
      2011-12-05
  • [Presentation] 量子統計に従ったプロトン移動反応の経路探索I2011

    • Author(s)
      志賀基之
    • Organizer
      化学反応経路探索のニューフロンティア2011
    • Place of Presentation
      北海道大学(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-24
  • [Presentation] 水素の量子統計的ゆらぎを考慮した第一原理分子動力学計算2011

    • Author(s)
      志賀基之
    • Organizer
      分子科学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(奨励賞受賞講演)
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] Ab initio path integral simulations of hydrogen bonded systems II2011

    • Author(s)
      M. Shiga
    • Organizer
      The Seventh Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      早稲田大学
    • Year and Date
      2011-09-06
  • [Presentation] Ab initio path integral simulations of hydrogen bonded systems I2010

    • Author(s)
      Motoyuki Shiga
    • Organizer
      WATOC 2011
    • Place of Presentation
      サンティアゴ・デ・コンポステラ(スペイン)
    • Year and Date
      2010-07-17

URL: 

Published: 2013-06-26  

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