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2011 Fiscal Year Annual Research Report

DNAナノ構造体を活用したタンパク分子のナノアレイ化と酵素反応の単分子解析

Research Project

Project/Area Number 22750144
Research InstitutionKansai University

Principal Investigator

葛谷 明紀  関西大学, 化学生命工学部, 准教授 (00456154)

KeywordsDNA / ナノ構造体 / DNAナノテクノロジー / DNAオリガミ / 酵素 / 一分子観察 / ナノデバイス
Research Abstract

本年度は、DNAオリガミ構造体に酵素一分子と金ナノ粒子4粒子を決まった配列に並べ、酵素から生成した産物を還元剤として用い、金ナノ粒子上で無電解メッキができることを実際に確認できた。
上記に加え、本研究で培った知見に基づき、DNAオリガミ法を活用して真に機能するナノメカニカルデバイスの構築することにも世界に先駆けて成功した。まず、長さ約170nmのレバー二本が支点で結合されたペンチのような形状のナノメカニカルデバイスを設計、作成した。それぞれのレバー先端部にターゲットと相互作用するリガンドを結合しておくことで、二本のレバーが協同的にターゲット分子を捕捉し、開いたペンチ形状から閉じたペンチ形状へと全体構造を選択的に変形させることに成功した。原子間力顕微鏡を用いてこの変化をイメージングすることにより、ターゲットの存在を一分子ずつ分子レベルで視覚的に検出することができた。レバー部に導入するリガンドを種々変えることで、原子量数十の金属イオンから分子量数万のタンパクまで、幅広いターゲット分子をただ一つのナノメカニカルデバイスを使って単分子レベルで検出することに成功した。
また一段階の構造変化しか観察しなかった初期の系では、抗体-抗原反応のような強い結合を作るターゲットしか一分子捕捉による検出対象とすることができなかった。この問題を解決するために、二段階での構造変化を誘起する系も構築した。二種類目のターゲットを用いてあらかじめペンチを閉じておき、本来のターゲットのリガンドを近接させておくことで、弱い相互作用しかできない分子でも一分子のみでペンチを閉じておくことに成功した。

  • Research Products

    (9 results)

All 2012 2011

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Enzyme Treatment-Free and Ligation-Independent Cloning Using Caged Primers in Polymerase Chain Reactions2011

    • Author(s)
      Akinori Kuzuya, Keita Tanaka, Hitoshi Katada, and Makoto Komiyama
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 17 Pages: 328-340

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nanomechanical DNA origami 'single-molecule beacons' directly imaged by atomic forcemicroscopy2011

    • Author(s)
      Akinori Kuzuya, Yusuke Sakai, Takahiro Yamazaki, Yan Xu, Makoto Komiyama
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 2 Pages: 449

    • DOI

      10.1038/ncomms1452

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Nanomechanical DNA Origami Devices as "Single-Molecule Beacons"2012

    • Author(s)
      Akinori Kuzuya
    • Organizer
      Workshop on DNA Nanotechnology : From Structure to Function
    • Place of Presentation
      中国上海(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-18
  • [Presentation] Nanomechanical DNA Origami Devices as Versatile Molecular Sensors2012

    • Author(s)
      Akinori Kuzuya, Takahiro Yamazaki, Kohei Yasuda, Yusuke Sakai, Yusei Yamanaka, Yan Xu, Yuichiro Aiba, Yuichi Ohya, Makoto Komiyama
    • Organizer
      IEEE NEMS2012
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-07
  • [Presentation] Nanomechanical DNA Origami Devices as "Single-Molecule Beacons"2011

    • Author(s)
      Akinori Kuzuya, Yusuke Sakai, Takahiro Yamazaki, Yusei Yamanaka, Yan Xu, Yuichi Ohya, Makoto Komiyama
    • Organizer
      The 38th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry (ISNAC2011)
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2011-11-09
  • [Presentation] Nanomechanical DNA Origami Devices as Single-Molecular Visual Detectors for Various Chemical/Biochemical Targets2011

    • Author(s)
      Akinori Kuzuya, Sakai Yusuke, Takahiro Yamazaki, Makoto Komiyama
    • Organizer
      DNA17
    • Place of Presentation
      米国カリフォルニア州パサデナ
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] ナノメカニカルDNAオリガミデバイスのアロステリック構造制御による高感度単分子検出2011

    • Author(s)
      葛谷明紀・酒井雄介・山崎貴裕・古志直弘・山中優誠・大矢裕一・小宮山眞
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2011-09-12
  • [Presentation] 単分子ビーコンとして機能するナノメカニカルDNAオリガミデバイス2011

    • Author(s)
      葛谷明紀・酒井雄介・山崎貴裕・徐岩・小宮山眞
    • Organizer
      第21回バイオ高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      関西大学
    • Year and Date
      2011-07-26
  • [Presentation] 異種のタンパク質-リガンド相互作用によるDNAオリガミ上でのヘテロタンパク質ナノアレイの構築2011

    • Author(s)
      山崎貴裕・葛谷明紀・小宮山眞
    • Organizer
      第21回バイオ高分子シンポジウム
    • Place of Presentation
      関西大学
    • Year and Date
      2011-07-25

URL: 

Published: 2013-06-26  

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