非均一サンプリングNMR法のデータ検証ツールの確立と難しいタンパク質への応用

2011 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 22770106
• Research Institution: Tokyo Metropolitan University
• Principal Investigator: JEE JunGoo 首都大学東京, 戦略研究センター, 客員准教授 (50381554)
• Keywords: 非均一低密度サンプリング / 多次元NMR法 / 自動構造計算 / CYANA

Research Abstract

本研究は多次元NMR法の新しい手法である非均一低密度サンプリング(non-uniform sparse sampling、NUS)法で測定したデータをプロセシングする方法を確立することが目的である。(1)本研究ではNUSデータから出るbaselineの歪みはスペクトルの強いピークが原因であることを明らかにした。特にNOEスペクトルでは強い対角ピークが間接軸方向に強いbaselineの歪みを生じることを証明した。本研究では対角ピークが出ないNOEスペクトルに非均一サンプリング法適用する測定法でこの問題点を解決した。(2)3次元均一低密度サンプリング(uniform sparse sampling、US)法で測定したデータを3次元に構築することなしに2次元で利用するプロトコルを確立した。この場合間接軸の化学シフト値が変わり、NOEスペクトルから従来の方法で自動構造計算を行うのは困難である。本研究ではCYANAを改良しこの問題を解決した。

Research Products

• [Journal Article] NMR analysis of Lys63-linked polyubiquitin recognition by the tandem ubiquitin-interacting motifs of Rap80 (2012)
  • Author(s): N.Sekiyama, J.Jee, S.Isogai, K.Akagi, T.H.Huang, M.Ariyoshi, H.Tochio, M.Shirakawa
  • Journal Title: J.Biomol.NMR Volume: 52 Pages: 339-350
  • DOI: 10.1007/s10858-012-9614-9
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Hydrogen Exchange Study on the Hydroxyl Groups of Serine and Threonine Residues in Proteins and Structure Refinement Using NOE Restraints with Polar Side-Chain Groups (2011)
  • Author(s): M.Takeda, J.-G.Jee, A.M.Ono, T.Terauchi, M.Kainosho
  • Journal Title: J.Am.Chem.Soc. Volume: 133 Pages: 17420-17427
  • DOI: 10.1021/ja206799v
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Alternative SAIL-Trp for robust aromatic signal assignment and determination of the X(2) conformation by intra-residue NOEs (2011)
  • Author(s): Y.Miyanoiri, M.Takeda, J.-G.Jee, A.M.Ono, K.Okuma, T.Terauchi, M.Kainosho
  • Journal Title: J.Biomol.NMR Volume: 51 Pages: 425-435
  • DOI: 10.1007/s10858-011-9568-3
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Solution structure of the Zβ domain of human DNA-dependent activator of IFN-regulatory factors and its binding modes to B- and Z-DNAs (2011)
  • Author(s): K.Kim, B.I.Khayrutdinov, C.K.Lee, H.-K.Cheong, S.W.Kang, H.Park, S.Lee, Y.-G.Kim, J.-G.Jee, A.Rich, K.K.Kim, Y.H.Jeon
  • Journal Title: Proc.Natl.Acad Sci.USA Volume: 108 Pages: 6921-6926
  • DOI: 10.1073/pnas.1014898107
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins (2011)
  • Author(s): T.Ikeya, J.-G.Jee, Y.Shigemitsu, J.Hamatsu, M.Mishima, Y.Ito, M.Kainosho, P.Guntert
  • Journal Title: J.Biomol.NMR Volume: 50 Pages: 137-146
  • DOI: 10.1007/s10858-011-9502-8
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural feature of bent DNA recognized by HMGB1 (2011)
  • Author(s): K.Furuita, S.Murata, J.-G.Jee, S.Ichikawa, A.Matsuda, C.Kojima
  • Journal Title: J.Am.Chem.Soc. Volume: 133 Pages: 5788-5790
  • DOI: 10.1021/ja2013399
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Inhibition of JAK3 alleviates inflammation in monoarthritic rats (2011)
  • Author(s): B.-H.Kim, M.Kim, C.-H.Yin, J.-G.Jee, C.Sandoval, H.Lee, E.Bach, D.-H.Hahm, G.-H.Baeg
  • Journal Title: Br.J.Pharmacol. Volume: 164 Pages: 106-118
  • DOI: 10.1111/j.1476-5381.2011.01353.x
  • Peer Reviewed