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2010 Fiscal Year Annual Research Report

イカロドプシン反応中間体のX線結晶構造解析

Research Project

Project/Area Number 22770146
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

村上 緑  名古屋大学, 理学研究科, 助教 (20324387)

Keywords光生物 / ロドプシン
Research Abstract

ロドプシンが担う光情報変換過程は、ロドプシン分子内に含まれる発色団レチナールが光を吸収し11-cis型から全トランス型へと異性化することで開始される。我々は、イカロドプシンの結晶を用いて、光反応初期中間体の構造解析を試みている。反応中間体は結晶中での形成率が必ずしも大きくないこともあり、形成率を正しく見積もらないと間違ったモデルを導く可能性が大きくなる。本課題では、様々な視点から形成率を正しく見積もることを試みた。イカロドプシン結晶に対し液体窒素温度下でさまざまな波長の光を照射すると、11-cis型基底状態、9-シス型イソロドプシン、全トランス型バソ中間体の3状態間で平衡状態を形成した。様々な波長を当て、結晶中での各光異性体の形成率を正確に見積もった。バソ中間体が多く蓄積される青色光、基底状態が多い赤色光を交互に照射し収集したX線回折データから、X線照射量が少ない場合のみ活性部位近傍の電子密度に有意な差が観察された。この差マップもX線量が増えるに従って差が減少したため、X線照射によってタンパク質が壊れ正常な光化学反応が生じないX線産物に不可逆に変化したと判断した。オンライン顕微分光測定を行い、この不可逆な変化を定量的に解析し、X線照射した結晶中でのバソ中間体の形成率を正確に見積もった。さらに、あらゆる波長領域でイソドプシンの形成率が大きいことが分かったので、イソロドプシンの構造解析も行い、バソ中間体の正しいモデルを構築することができた。

  • Research Products

    (8 results)

All 2011 2010

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] 無脊椎動物のロドプシン研究2010

    • Author(s)
      村上緑
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 50 Pages: 274-275

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural divergence and functional versatility of the rhodopsin superfamily2010

    • Author(s)
      Kouyama T, Murakami M
    • Journal Title

      Photochem Photobiol Sci

      Volume: 9 Pages: 1458-1465

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ハロロドプシンのアザイド結合の状態2011

    • Author(s)
      中西太市,金田創運,竹口優,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      平成22年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20110330-31
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのLeu93の役割に関するX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      平成22年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20110330-31
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのLeu93の役割に関するX線結晶構造解析2010

    • Author(s)
      張進,山崎芳和,樋掛雅則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20100920-22
  • [Presentation] Natronomonas pharaonis由来の光駆動塩素イオンポンプ・ハロロドプシンのX線結晶構造解析2010

    • Author(s)
      神山勉,金田創運,張進,竹口優,村上緑,井原邦夫
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20100920-22
  • [Presentation] イカロドプシン光異性化反応産物のX線結晶構造解析2010

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] X-ray crystallography of the primary photoreaction intermediate of squid rhodopsin2010

    • Author(s)
      M.Murakami, T.Kouyama
    • Organizer
      14th International Conference on Retinal Proteins
    • Year and Date
      20100802-20100806

URL: 

Published: 2013-06-26  

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