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2011 Fiscal Year Annual Research Report

イカロドプシン反応中間体のX線結晶構造解析

Research Project

Project/Area Number 22770146
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

村上 緑  名古屋大学, 理学研究科, 助教 (20324387)

Keywords光生物 / ロドプシン
Research Abstract

視物質ロドプシンは網膜視細胞に存在する光受容膜蛋白質で、7本膜貫通ヘリックス構造をもつG蛋白共役型受容体(GPCR)のモデル蛋白質である。無脊椎動物スルメイカのロドプシンの構造と、脊椎動物ウシのロドプシンの構造を比較すると、ウシロドプシンの構造が光受容に高度に特化しているのとは対照的に、イカロドプシンでは他の一般のGPCRと共通した構造を持つと考えられる。本研究課題では光反応サイクル最初の中間体バソ中間体とその光異性体イソロドプシンの構造を求め構造比較を行い、シグナリングに必要な構造を明らかにすることを目標とした。イカロドプシン結晶に対し、低温下で青色光照射後緑色光を照射するとほぼ100%イソロドプシンが生成された。少量のX線照射により回折データを収集し、イソロドプシンの構造モデルを2.7Aで決定した。このデータからは基底状態と有意な差電子密度マップが得られ、この差マップを基に再度バソ中間体のモデルを改めて解析し、2.8A分解能でバソ中間体の構造を決定した。基底状態とイソロドプシンでは、レチナールは膜面に平行にポリエン鎖平面を向けており、レチナールと膜貫通ヘリックス3との立体障害がイソロドプシンを安定に保持することが明らかとなった。一方、バソ中間体形成によってポリエン鎖平面は膜の法線方向へと回転した。この時、レチナールは大きく捻じれ、近傍残基の側鎖に相補的な動きが惹起された。吸収した光エネルギーはレチナールおよび近傍残基の歪みとして蓄えらえることが明らかとなった。

  • Research Products

    (12 results)

All 2012 2011

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] Crystallographic analysis of the primary photochemical reaction of squidrhodopsin2011

    • Author(s)
      Murakami M, Kouyama T.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol.

      Volume: 413 Pages: 615-627

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of an O-Like blue form and an anion-free yellow form of pharaonis halorhodopsin2011

    • Author(s)
      Kanada S, Takeguchi Y, Murakami M, Ihara K, Kouyama T.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol.

      Volume: 413 Pages: 162-176

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.021

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] X線結晶構造から観る無脊椎動物ロドプシンの光反応過程2012

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      生命情報科学研究セミナー
    • Place of Presentation
      東京(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-22
  • [Presentation] ハロロドプシンの光誘起構造2012

    • Author(s)
      中西太市,金田創運,井原邦夫,村上緑,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] タコロドプシンの結晶化2012

    • Author(s)
      水野克秀,張進,中村洋子,村上緑,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2012

    • Author(s)
      村上緑,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2012

    • Author(s)
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体の結晶構造解析2012

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      蛋白研セミナー「結晶学でみるタンパク質の化学と物理」
    • Place of Presentation
      名古屋(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-19
  • [Presentation] イカロドプシン光反応中間体の結晶構造解析2011

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      20111124-20111125
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体のX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2011

    • Author(s)
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-18
  • [Presentation] ファラオニシス・ハロロドプシンのアザイド結合型紫状態のM中間体の結晶構造2011

    • Author(s)
      中西太市,金田創運,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-18

URL: 

Published: 2013-06-26  

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