2012 Fiscal Year Annual Research Report
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22780034
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
平野 智也 独立行政法人理化学研究所, イオンビーム育種研究チーム, 研究員 (80455584)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 花粉 / 雄原細胞 / 精細胞 / EST 解析 / 遺伝子発現 |
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| Research Abstract |
キルタンサスでは、花粉管伸長中に形成される一組の精細胞が異型化することが明らかになっている。異型化は雄原細胞分裂直後の表層微小管の再構成時に生じることから、異型化のKey遺伝子の発現は精細胞形成時もしくは形成直後であると推定される。精細胞形成時における遺伝子発現の基盤情報を得るために、精細胞形成以前（花粉培養6時間)の花粉管および形成直後の精細胞および分裂期の細胞を含む培養12時間の花粉管から Total RNAを抽出しEST解析を行った。
RNA増幅後にcDNAライブラリーを作成し、それぞれのライブラリーを454 FLX systemによりシーケンシングし、本年度新たに培養6時間で202,642個、培養12時間で412,663個のリード配列を取得した。昨年度得たシーケンス結果と合わせ、MIRA assemblerを用いて 6時間、12時間を合わせた全てのリードより45,555個のコンティグ/シングレット配列を得た。配列情報をもとに相同性解析を試みたが、同一タンパク質に相同性を示すコンティグ/シングレット配列が非常に多くみられ、さらに配列の統合が必要であった。従って、MIRAに加えCAP3 assemblerを用いることで最終的に25,786個のコンティグ/シングレット配列情報を取得した。これら配列情報には細胞周期関連遺伝子が多数確認されたことから、ライブラリーには雄原細胞由来のcDNAが含まれていると考えられる。遺伝子の発現量を比較する手法としてRPKM値を用いることで、6時間特異的なコンティグ/シングレット配列が1,217個、12時間特異的なものが5,571個抽出され、異型化特異的ステージの前後で発現量が変化する遺伝子の候補リストが得られた。リストには微小管形成関連遺伝子が含まれていることから、異型化機構解明に向けた基盤情報として活用可能と考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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