2010 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シークエンサーを利用した自閉症候補遺伝子領域のターゲットリシークエンス
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22791107
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
栃木 衛 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (40456116)
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| Keywords | 遺伝子 / ゲノム / 脳神経疾患 |
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| Research Abstract |
平成23年度は主として1)次世代シークニンサーを利用したシークエンスデータの蓄積と、2)これまでに報告者が得ている、15番染色体長腕11-13領域(15q11-q13)に微細構造異常を示すサンプルのアレイCGHデータの確認を中心に実施した。1)については、実施費用が高額となることも考え、仮に15q11-q13領域の解析が困難であった場合でもデータが無駄にならないよう、4世代にわたり自閉症性障害を発症している家系を対象としてエクソーム解析を実施し、得られたデータを当研究課題にも用いることとした。具体的には末梢血由来のDNAを用いてショットガンシークエンスライブラリーを作成した上で、Agilent社製Sure Selectヒト全エクソンキットを用いてキャプチャーを行い、さらにそれをIllumina社製Genome AnalyzerIIによりpair-end 75-bpの条件下にて解析した。塩基の決定にはIllumina pipeline 1.5を用い、得られたシークエンスはCLC Genomic Wrokbenchソフトウエアを用いてマッピングを行った。現在は、得られたシークエンスデータの妥当性、および変異の同定について検討を行っているところである。一方2)については、定量PCRを用いた確認が困難であることが判明したため、Affymetrix社製Affy SNP6.0を角いた解析による確認を試みている。具体的には、当該サンプルをも含む自閉症性障害患者とその両親163組を用い、得られたデータについてPennCNVによるHMMモデルを用いてコピー数多型(CNV)の判定を行った。Affymetrix社提供によるAPTツールにより標準化を行うと共に、サンプルやSNPを対象にデータのクリーニングを行って残った136組のデータのうち、500K塩基対以上の大きさのde novo CNVが7組のサンプルで8つ認められており、その中の複数が15q11-q13領域に位置していることが判明した。今後は、アレイCGHとAffy SNP6.0のデータの整合性について検討をさらに進めると共に、次世代シークエンサーを利用した解析が可能かどうかについて、得られたデータを元に検討を行う予定である。
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