2011 Fiscal Year Annual Research Report
次世代超高速シーケンサーを用いた脳動脈瘤関連遺伝子領域からの責任変異の同定
| Project/Area Number |
22791359
|
|---|
| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
|---|
Principal Investigator |
赤川 浩之 東京女子医科大学, 医学部, テニュアトラック准教授 (60398807)
|
|---|
| Keywords | 脳動脈瘤 / 遺伝子 / rare variant |
|---|
| Research Abstract |
異なる3集団で脳動脈瘤との連鎖または関連が報告されている、染色体14q23のSNP rs767603領域に注目して解析を行った。まず、rs767603を患者168例と対照193例でジェノタイピングして関連解析を行ったところ、Tアレル頻度が患者群で14%に対し、対照群では20%でP=0.034と有意な関連が再現された。やはりこの領域に感受性遺伝子が存在している可能性が高いと考えられたので、次に次世代シーケンサーSOLiD(ライフテクノロジーズ)によるターゲット・リシーケンシングを行った。サンプルは、先のゲノムワイド連鎖解析にて第14染色体連鎖領域でIdentity-by-descent≧1であった大家系を一つ選定した。この家系からサンプリング可能であった罹患者および非罹患者合計7名のサンプルを解析に供した。同時に、SOLiDデータのクオリティコントロールおよび、注目した本家系単一で密な連鎖解析を行う目的でイルミナ社SNP arrayを用いて、高密度のSNPジェノタイピングも行った。パラメトリック連鎖解析により、rs862132～rs10148224(14q22.3～14q24.3)の領域で多点HLOD値が正の連鎖シグナルが再現されたので、この領域でSOLiDデータのフィルタリングを行った。まずは、家系内で疾患とともに伝達しているアミノ酸置換またはスプライス部位の変異で、Common SNPとしてデータベースに登録されていないものを抽出することとした。その結果、これに該当するヴァリアントはこの連鎖領域には存在しないことが判明した。すなわち、この領域についてはコーデイング領域以外で遺伝子発現調節領域も含めた解析が必要なことがわかった。そのための最も有用な方策はSOLiDによる全ゲノムシーケンスであり、現在、本家系発端者で解析を進めているところである。
|
Research Products
(1 results)
