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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular ecological mechanism of bloom disintegration by viral infection

Research Project

Project/Area Number 22H00385
Research InstitutionKochi University

Principal Investigator

長崎 慶三  高知大学, 教育研究部自然科学系理工学部門, 教授 (00222175)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 前田 広道  高知大学, 教育研究部医療学系臨床医学部門, 講師 (20437734)
花崎 和弘  高知大学, 医学部附属病院, 特任教授 (30240790)
岡崎 友輔  京都大学, 化学研究所, 助教 (40823745)
高橋 迪子  高知大学, 医学部, 特任助教 (40868189)
緒方 博之  京都大学, 化学研究所, 教授 (70291432)
吉田 天士  京都大学, 農学研究科, 教授 (80305490)
和田 啓  宮崎大学, 医学部, 准教授 (80379304)
遠藤 寿  京都大学, 化学研究所, 准教授 (80795055)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2027-03-31
Keywords赤潮 / 二本鎖DNAウイルスHaV / 特異的感染性 / 感受性 / クローン多様性 / 生え戻り現象 / 巨大蛋白質 / 高度アミノ酸反復領域
Outline of Annual Research Achievements

二本鎖DNAウイルスHaVは赤潮原因藻ヘテロシグマに感染する。これまでに、HaVの宿主範囲ならびに宿主のウイルス感受性パターンはクローンごとに異なることが明らかとなっているが、両者間の複雑な関係性を裏打ちする機構は不明である。
今年度は、死滅区ごとの力価の比較、ウイルスクローン内における感染性の変化の抽出、ならびに生え戻り現象に関する精査を行った。その結果、以下のことが明らかとなった。①一つのウイルス懸濁液の力価測定に際し、異なる宿主株を用いるとMPN値には4オーダー以上の大きな差がみられた。この理由として、単一粒子からスタートしたクローンのHaV株でも、産生された粒子間で宿主への結合能が異なる可能性が疑われた。②同一クローンの感染特異性が植え継ぎの過程で変化する場合がみられた。③感染死滅が起こる宿主株(R0)-ウイルス株の組合せでも、ウイルス接種後に生残した少数の細胞が増殖する(生え戻る)ケースがあることが見出された。④「生え戻り現象」について精査を行った結果、生え戻った細胞(R1)は接種されたウイルス株に対し抵抗性を保持していた。⑤ただしR1は、R0の時点で非感受性だったウイルス株に対して感受性を示した。すなわち宿主のウイルス感受性パターンの反転現象が観察された。
これらのことから、クローン化された培養であっても、ウイルス感受性パターンは変化しうるものと考えられた。従来まで想像されていたよりも、宿主のウイルス感受性を支持する要素は可塑的なのかもしれない。
一方、HaVの巨大蛋白質VP492遺伝子の高度アミノ酸反復領域を比較した結果、異なる由来の株間でもきわめて保存性が高いことが明らかとなった。この分子が宿主特異性の決定に関わっているとしたら、発現後のモディフィケーションが関わっている可能性も考えられる。今後の精査が待たれるところである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度は高知県産のヘテロシグマ株およびHaV株の単離・無菌化を行い、今後の室内実験に必要な生物材料の整備を行った。その結果、ヘテロシグマ60株以上およびHaV20株以上の採取と培養構築に成功した。
クロスアッセイの結果、従来の「溶藻/非溶藻」という従来の2元的評価がきわめて曖昧である可能性を抽出した。同じウイルス懸濁液を異なる宿主株を用いて測定した際の力価が10E0~10E-7の範囲で異なったという事は、同じウイルスクローン集団中においてそれを構成するウイルス粒子が多様であり、クローンであれば無条件に均一であるという従来の考え方に一石を投ずる結果といえる。これまでの研究では、HaVクローン株が示す宿主特異性は均一不変であると考えられてきたが、これについても「不変ではなく可塑的である」可能性が抽出され、生態系におけるウイルスの役割を考えるうえでさらに俯瞰的な精査が求められたといえる。以上の通り、数々の興味深い疑問点を抽出するに足るデータが蓄積できたという点を評価したい。今後は各現象を裏打ちする分子メカニズムの解析のため、他研究機関との合理的連携による戦略展開が必要となる。

Strategy for Future Research Activity

2年目の研究推進方策としては、①高知県浦ノ内湾以外のフィールドからもヘテロシグマ株およびHaV株を作出し各種実験に供すること、②さらにバラエティの高いクロスアッセイを行い宿主側の死滅様態が特徴的な組合せを抽出すること、③一つの宿主クローンの感染特異性が植え継ぎ過程で変化するという現象を数値化したデータを集めること、④ウイルス接種により感染圧を調節しつつ、一つの宿主クローンがどの程度多様な感受性を示すかを測定すること、⑤宿主のウイルス感受性パターンの反転現象について再現性の検証を行うとともに反転の生ずる機作を明らかにすること、などが挙げられる。⑤については、同一クローン内における遺伝子発現様態変化の追跡実験をデザインする必要がある。

  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Visualization of RNA virus infection in a marine protist with a universal biomarker2023

    • Author(s)
      Samantha R Coy, Budi Utama, James W Spurlin, Julia G Kim, Harshavardhan Deshmukh, Peter Lwigale, Keizo Nagasaki, Adrienne M S Correa
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 13 Pages: 5813-5813

    • DOI

      10.1038/s41598-023-31507-w.

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RNA virosphere in a marine zooplankton community in the subtropical western North Pacific.2022

    • Author(s)
      Hirai J, Urayama S, Takaki Y, Hirai M, Nagasaki K, Nunoura T.
    • Journal Title

      Microbes Environ.

      Volume: 37 Pages: ME21066

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME21066

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Degenerate PCR targeting the major capsid protein gene of HcRNAV and related viruses.2022

    • Author(s)
      Takahashi M, Wada K, Urayama S, Masuda Y, Nagasaki K.
    • Journal Title

      Microbes Environ.

      Volume: 37 Pages: ME21075

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME21075

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamics of bivalve-killing dinoflagellate Heterocapsa circularisquama and its infectious virus-like agent in Ago Bay from 2005 to 2007.2022

    • Author(s)
      Tomaru Y, Hata N, Fujiwara M, Masuda T, Nagasaki K.
    • Journal Title

      Kuroshio Science

      Volume: 16 Pages: 2-8

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] HaV may give innovative insights for traditional algal virology.2022

    • Author(s)
      Keizo Nagasaki, Yusaku Funaoka, Haruna Hiromoto, Michiko Takahashi, Daichi Morimoto, Hiromichi Maeda, Kazuhiro Hanazaki, Kei Wada.
    • Organizer
      12th Asian Symposium of Microbial Ecology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Possible mechanism of viral adsorption to the bloom-forming microalga Heterosigma akashiwo.2022

    • Author(s)
      Yusaku Funaoka, Haruna Hiromoto, Kei Wada, Michiko Takahashi, Daichi Morimoto, and Keizo Nagasaki.
    • Organizer
      12th Asian Symposium of Microbial Ecology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 「ファイコミクス・サイエンス」とは?2022

    • Author(s)
      長﨑慶三.
    • Organizer
      2022年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会ミニシンポジウム 「高知大学発ファイコミクス・サイエンスの萌芽」
  • [Presentation] 赤潮研究と創薬研究の架け橋を目指して.2022

    • Author(s)
      長﨑慶三, 船岳祐作, 廣本春奈, 森本大地, 高橋迪子, 酒井陽太, 花﨑和弘, 前田広道, 和田啓.
    • Organizer
      2022年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会
  • [Presentation] 単クローンの藻類ウイルスが粒子ごとに異なる感染特異性を持つ可能性の検証.2022

    • Author(s)
      長﨑慶三, 船岳祐作, 廣本春奈, 森本大地, 高橋迪子, 酒井陽太, 和田啓.
    • Organizer
      2022年度日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会
  • [Presentation] 藻類ウイルスは多機能分子を用いて宿主を識別するか.2022

    • Author(s)
      長﨑慶三, 船岳祐作, 廣本春奈, 森本大地, 高橋迪子,和田啓.
    • Organizer
      第9回ファージ研究会
  • [Presentation] 藻類ウイルス研究を基盤とする創薬プラットフォームの構築.2022

    • Author(s)
      長﨑慶三, 船岳祐作, 廣本春奈, 森本大地, 高橋迪子, 酒井陽太, 花﨑和弘, 前田広道, 和田啓.
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回年次大会
  • [Presentation] The short-term variation of virus community in an enclosed bay of Japan.2022

    • Author(s)
      Jun Xia, Yue Fang, Lingjie Meng, Qingwei Yang, Yusuke Okazaki, Takashi Yoshida, Keizo Nagasaki, Hisashi Endo, Hiroyuki Ogata.
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回年次大会
  • [Presentation] 海洋性真核微細藻類に対するウイルス感染が原核?物群集動態に及ぼす影響.2022

    • Author(s)
      武部紘明, 廣本春奈, 渡邉哲弘, ?本圭吾, ?崎慶三, 神川??, 吉?天?.
    • Organizer
      日本微生物生態学会第35回年次大会
  • [Presentation] 藻類ウイルスクローン株における多様な宿主特異性発現の可能性.2022

    • Author(s)
      長﨑慶三・船岳祐作・廣本春奈・森本大地・高橋迪子・和田啓.
    • Organizer
      第69回日本ウイルス学会学術集会
  • [Presentation] Genome-resolved metagenomics reveals instra-species genetic diversity of giant viruses.2022

    • Author(s)
      Yue Fang, Lingjie Meng, Xia Jun, Hiroyuki Ogata, Yusuke Okazaki, Hisashi Endo, Keizo Ngasaki, Yasushiro Gotoh, Tetsuya Hayashi.
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 赤潮藻ヘテロシグマに感染するウイルスHaVの感染をめぐる特殊性と複雑性.2022

    • Author(s)
      長﨑慶三, 船岳祐作, 廣本春奈, 森本大地, 高橋迪子, 前田広道, 花﨑和弘, 和田啓, 遠藤寿, 岡崎友輔, 緒方博之.
    • Organizer
      令和5年度日本水産学会春季大会

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Published: 2023-12-25  

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