• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2022 Fiscal Year Annual Research Report

毎秒100フレーム取得可能な高速AFMの開発と実証応用研究

Research Project

Project/Area Number 22H00405
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

安藤 敏夫  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任教授 (50184320)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2026-03-31
Keywords高速AFM / バイオイメージング / 低侵襲イメージング / 高速イメージング / タンパク質 / 機能動態 / ダイナミクス
Outline of Annual Research Achievements

代表者が開発した高速AFMは個々の蛋白質分子の動的な構造とプロセスを毎秒10画像(10 fps)前後の速度で直接可視化できる唯一の顕微鏡である。現在高速AFMは世界中で利用されているが、10 fpsでは観察できない動的現象や試料系が未だ多く存在する。本研究は、代表者が最近開発した新X走査法(OTI)の優れた低侵襲性能を、以前開発したダイナミックPIDフィードバック制御法(D-PID)と組み合わせるなどして、更に向上させ、最終的に100 fpsの実現を目指している。初年度である本年度は、OTIとD-PIDの組み合わせ効果を実証することから開始した。まず、D-PID回路を改造して、閾値を使ったフィードバックゲインの自動調整のパラメータ設定を容易にできるようにした。その結果、比較的脆弱なアクチン線維を対象にした場合、OTI単独では25 fps程度が限界であったが、OTIとD-PIDを組み合わせると、40-50 fpsにまでイメージング速度が向上した。この組み合わせが、フィードバック制御のどのような要素を改善するものであるのかを現在定量的に調べている。100 fpsを目指すには、ハードウェア側の更なる高速化に向けた改良も必須だが、主律速因子である微小カンチレバーの更なる微小化(共振周波数の更なる向上)はメーカーの協力なしには進まない。そこで、2つの戦略で進めた。第一は、メーカーとの共同開発、第二は、質量を見かけ上小さくするM値制御法の開発である。前者は開始したが、未だ成果はない。後者はカンチレバーの超音波励振で試み、共振周波数を2 MHz程度まで上げることができた。但し、超音波の水中伝搬による位相遅れの補償は不安定であるため、光励振用の光学系を作製した。装置開発と並行して、今後試す試料系の調製法を検討した。また、共同研究により、その時々の性能の高速AFMを使って応用研究を進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初予想していたOTI法とD-PID法の組み合わせ効果が実際のイメージング実験により確認されたため、100 fps実現への明るい見通しが得られた。また、数学的に検討したM値制御が実際の系で確認されたことも大きな前進である。当初の計画には入っていなかったが、カンチレバーメーカーと共同研究を開始し、更に共振周波数の高いカンチレバーが市場に出る可能性が出てきたことは、更に高速な高速AFMの実現と普及にとって心強い。M値制御は高速AFMを技術開発する研究室で問題なく利用することはできるが、高速AFMの一般ユーザーには調整が面倒であるため利用されない可能性がある。それ故、カンチレバーメーカーの協力が得られたことは大きな前進である。とは言っても、一般ユーザーには叶わない高速性能の達成も代表者に課された重要な課題である。高速AFMの応用研究も進展した。

Strategy for Future Research Activity

<2年目>
(1)OTIとD-PIDの組み合わせによる低侵襲効果のメカニズムの詳細理解。(2)カンチレバーの光励振に基づくM値制御法の確立。(3)比較的脆弱な蛋白質系の場合でも100 fpsに近いイメージング速度が可能であることを実証。(4)技術開発成果の論文準備。(5)共同研究による高速AFMの応用研究を展開。
<3-4年目>
従来の高速AFMではイメージングできなかったタンパク質系と動的現象を実際にイメージング可能であることを実証し、論文にする。開発した技術を普及させるために、高速AFMメーカーに技術移転することも行いたい。共同研究による高速AFMの応用研究を展開。

  • Research Products

    (23 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 6 results) Book (1 results) Remarks (4 results)

  • [Int'l Joint Research] Zernike Institut(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      Zernike Institut
  • [Journal Article] Protein dynamics by the combination of high-speed AFM and computational modeling2023

    • Author(s)
      Flechsig Holger、Ando Toshio
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 80 Pages: 102591~102591

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2023.102591

  • [Journal Article] Nanoscopic Assessment of Anti-SARS-CoV-2 Spike Neutralizing Antibody Using High-Speed AFM2023

    • Author(s)
      Lim Keesiang、Nishide Goro、Sajidah Elma Sakinatus、Yamano Tomoyoshi、Qiu Yujia、Yoshida Takeshi、Kobayashi Akiko、Hazawa Masaharu、Ando Toshio、Hanayama Rikinari、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 23 Pages: 619~628

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.2c04270

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] PQBP5/NOL10 maintains and anchors the nucleolus under physiological and osmotic stress conditions2023

    • Author(s)
      Jin Xiaocen、Tanaka Hikari、Jin Meihua、Fujita Kyota、Homma Hidenori、Inotsume Maiko、Yong Huang、Umeda Kenichi、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Okazawa Hitoshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: # 9

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35602-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Actin-binding domain of Rng2 sparsely bound on F-actin strongly inhibits actin movement on myosin II2022

    • Author(s)
      Hayakawa Yuuki、Takaine Masak、Ngo Kien Xuan、Imai Taiga、Yamada Masafumi D、Behjat Arash Badami、Umeda Kenichi、Hirose Keiko、Yurtsever Ayhan、Kodera Noriyuki、Tokuraku Kiyotaka、Numata Osamu、Fukuma Takeshi、Ando Toshio、Nakano Kentaro、Uyeda Taro QP
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Pages: # e202201469

    • DOI

      10.26508/lsa.202201469

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images2022

    • Author(s)
      Ogane Tomonori、Noshiro Daisuke、Ando Toshio、Yamashita Atsuko、Sugita Yuji、Matsunaga Yasuhiro
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 18 Pages: # e1010384

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1010384

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional Implications of Dynamic Structures of Intrinsically Disordered Proteins Revealed by High-Speed AFM Imaging2022

    • Author(s)
      Ando Toshio
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 12 Pages: 1876~1876

    • DOI

      10.3390/biom12121876

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatiotemporal tracking of small extracellular vesicle nanotopology in response to physicochemical stresses revealed by HS‐AFM2022

    • Author(s)
      Sajidah Elma Sakinatus、Lim Keesiang、Yamano Tomoyoshi、Nishide Goro、Qiu Yujia、Yoshida Takeshi、Wang Hanbo、Kobayashi Akiko、Hazawa Masaharu、Dewi Firli R. P.、Hanayama Rikinari、Ando Toshio、Wong Richard W.
    • Journal Title

      Journal of Extracellular Vesicles

      Volume: 11 Pages: # 12275

    • DOI

      10.1002/jev2.12275

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Guide to studying intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Kodera Noriyuki、Ando Toshio
    • Journal Title

      Methods

      Volume: 207 Pages: 44~56

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2022.08.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Visualization of intrinsically disordered proteins by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Kodera Noriyuki、Ando Toshio
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 72 Pages: 260~266

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2021.11.014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An ultrafast piezoelectric Z-scanner with a resonance frequency above 1.1?MHz for high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Shimizu Masahiro、Okamoto Chihiro、Umeda Kenichi、Watanabe Shinji、Ando Toshio、Kodera Noriyuki
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 93 Pages: # 013701

    • DOI

      10.1063/5.0072722

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy reveals a three-state elevator mechanism in the citrate transporter CitS2022

    • Author(s)
      Maity Sourav、Trinco Gianluca、Buz?n Pedro、Anshari Zaid R.、Kodera Noriyuki、Ngo Kien Xuan、Ando Toshio、Slotboom Dirk J.、Roos Wouter H.
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: # e2113927119

    • DOI

      10.1073/pnas.2113927119

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Directly observing protein molecules in dynamic action by high-speed atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Organizer
      Seminar at the Institute of Molecular Biology and Biotechnology, Foundation for Research & Technology - Hellas (Crete, Greece)
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy in biology2022

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Organizer
      Workshop on Computational Biophysics of Atomic Force Microscopy (Kanazawa)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ATP energy usage in biomolecular machinery2022

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Organizer
      Gordon Research Conference on single molecule approaches to biology (Castelldefels, Spain)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高速AFM技術について2022

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      第3回高速AFMオンラインシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡の仕組みと応用2022

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      京都府中小企業技術センター 表面技術セミナー
    • Invited
  • [Presentation] 液中生物ナノメーター世界の高速観察の実現2022

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      日本生物物理学会 第9会総会シンポジウム (函館アリーナ)
    • Invited
  • [Book] High-speed Atomic Force Microscopy in Biology: Directly watching dynamics of biomolecules in action"2022

    • Author(s)
      Toshio Ando
    • Total Pages
      319
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      978-3-662-64783-7
  • [Remarks] 金沢大学 生物物理学グループへようこそ

    • URL

      http://biophys.w3.kanazawa-u.ac.jp/index_J.htm

  • [Remarks] Welcome to Kanazawa Biophysics Goup

    • URL

      http://biophys.w3.kanazawa-u.ac.jp/index.htm

  • [Remarks] NanoLSI Research Highlights

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/research/research-highlights/

  • [Remarks] NanoLSI Research Highlights

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/en/research/research-highlights/

URL: 

Published: 2023-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi