2023 Fiscal Year Research-status Report

Comprehensive search for adaptation factors of foodborne Campylobacter to cooking environment stress

Research Project

Project/Area Number	22K02131
Research Institution	Osaka Institute of Public Health
Principal Investigator	中村寛海地方独立行政法人大阪健康安全基盤研究所, 微生物部, 主幹研究員 (00332445)
Project Period (FY)	2022-04-01 – 2025-03-31
Keywords	カンピロバクター / 鶏肉 / 全ゲノムシーケンス / 遺伝子型別
Outline of Annual Research Achievements	カンピロバクター食中毒の原因施設は、そのほとんどが飲食店であることから、主に飲食店を対象として業務用の鶏肉を販売している市場の鶏肉加工業者に着目した。2019年から2023年に市場の鶏肉加工業者4社から入手した鶏肉およびふきとり水からカンピロバクターの分離を試み、分離された菌株についてmultiplex PCR binary typing（mP-BIT）による遺伝子型別を実施し、27菌株を選別した。これらのうち、10株について全ゲノムシーケンシングを実施し、配列データを入手した。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 4: Progress in research has been delayed. Reason 業務多忙のため、本研究課題に集中的に取り組む時間がない上に、ゲノム解析のための試料調製や解読後の塩基配列解析がスムーズにいかず、行き詰まっている。
Strategy for Future Research Activity	全ゲノムシーケンス解析を予定している27株のうち、配列データ未入手の17株については菌株からのゲノムDNA抽出作業までは完了している。これらについて塩基配列データを入手し、コアゲノムMLST解析を行って鶏肉由来菌株間の関連性について検討を行う。同時期に分離された食中毒患者由来株についてmP-BITやMLSTデータから菌株を選別し、流行株のゲノムの特徴について調べる。
Causes of Carryover	管内で開催される学会が多く、旅費が執行されなかった。物品費についても、研究の遂行が遅滞しているため、予算の執行も遅れている。また、所内の予算で一部の菌株についての全ゲノムシーケンシングが可能となった。