Elucidation of transcriptional regulation of rice immune response using comparative transcriptome analysis

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K05649
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 堺 俊之 京都大学, 農学研究科, 助教 (50911682)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: 発現量解析

Outline of Annual Research Achievements

本年度は、どのタイムポイントでRNA-seqを行うかの条件検討をササニシキを用いて行い、いもち病菌接種後、何時間経過した時点でRNA-seqを実施するかを決定する予定で研究を進めた。
条件検討のため、抵抗性遺伝子であるRGA4/5遺伝子を持つ系統「ササニシキ」に対し、エフェクタータンパク質であるAVR-Piaを保有するイネいもち病菌を接種し、接種後複数のタイムポイントにおいてRNA-seqを実施した。現在得られた時系列発現量データを元に、発現変動遺伝子や抵抗性反応が起きた際に重要と考えられている遺伝子群の発現プロファイルを確認し、他のエフェクタータンパク質等を使用した実験において、どのタイムポイントでRNA-seqを行うべきか条件検討を行っている。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

昨年度報告した通り、インキュベータ内でのイネの生育状態が芳しくなく、研究計画に遅れが生じていた。昨年度の検証結果から、安定した結果を得るためには、イネの生育や接種試験を夏季に向けて行う必要があることが分かっており、実験を行える時期が限られている。そのため、本年度も引き続き昨年度生じた遅れを残している状態ではあるが、研究計画自体は着実に進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

2023年度に得られたササニシキを用いたRNA-seqデータから、いもち病菌接種後、何時間経過した時点でRNA-seqを実施するかを決定する。その後、AVR-Pik, AVR-Pia, AVR-Pii等、様々なエフェクタータンパク質を保有するイネいもち病菌株を接種したサンプルを用いて、条件検討にて決定したタイムポイントにおいてRNA-seqを実施する予定である。得られた時系列発現量データを元に、各エフェクタータンパク質に対する反応において、共通して保存されている発現変動遺伝子や、逆に特異的な発現変動を見せる遺伝子群を、共発現解析や時系列パターン解析を用いて同定する。

Causes of Carryover

研究計画に遅れが生じており、条件検討後に行うはずだったRNA-seqを次年度行うことになったため、次年度使用額が生じている。
そのため、生じた次年度使用額は計画通りRNA-seqの費用に充てる予定である。