2023 Fiscal Year Research-status Report
Functional analysis of skin microbiome of fish
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22K05792
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
竹内 美緒 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (20357403)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
永田 恵里奈 近畿大学, 農学部, 講師 (20399116)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 魚類体表 / 微生物 / 粘液 / 付着 / メタゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、メタゲノム解析により魚類体表細菌の機能的特徴を推定すると共に、魚類体表への細菌の定着性に関する機能について、飼育実験による評価を計画している。2022年度は先行して魚類体表から取得した微生物を用いて、アユを使った飼育実験を実施した。その結果、魚類体表への定着性の高い細菌株、低い細菌株を特定することができたことから、2023年度はまず、これらの細菌株について、ゲノム解析を実施し、定着性との関連について検討した。その結果、付着に関わるシステムが異なることが明らかになり、今後室内実験等により、重要遺伝子を検証できると考えられた。また、メタゲノム解析による魚類体表細菌の機能的特徴解明のための試料採取を行った。海産魚としては養殖クロマグロ、沿岸域で採取した天然アユ、淡水魚として河川遡上中ならびに遡上後の天然アユを採取し、体表粘液を採取、冷凍保存した。同時にそれぞれの環境水も採取し、0.2マイクロメートル径のステリベクスフィルターで濾過したのち、冷凍保存した。またサンディエゴ州立大学においてメタゲノム解析方法の習得を行った。現在これらについてDNA抽出作業を進めており、来年度は、抽出DNAを用いてショットガンメタゲノム解析を実施、得られたデータを解析する計画である。それによって、魚類体表粘液中の微生物や体表定着性の高い微生物の機能的特徴を明らかにすることができると期待され、将来的には魚類体表細菌コントロールによって、さまざまな応用が可能になると期待される。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度の重要課題であったメタゲノム解析用の試料について、順調に採取することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は得られた資料のメタゲノム解析を早急に進め、得られたデータの解析により、魚類体表に特徴的な微生物機能を特定する予定である。
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| Causes of Carryover |
旅費（海外航空券）が当初予定よりも少なくなったため、次年度使用額が発生し、それに伴いメタゲノム解析試料数を増やす予定である。
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