2023 Fiscal Year Research-status Report
Establishment of clinical diagnosis on fish disease using small RNA
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22K05833
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| Research Institution | Nagasaki University |
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Principal Investigator |
小山 喬 長崎大学, 水産・環境科学総合研究科(水産), 准教授 (40749701)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | トラフグやせ病 / 多検体mRNA-seq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、トラフグのやせ病をモデルとして、魚類感染症の感染初期に宿主体液中に現れる小分子RNAを同定し、当該小分子RNAを非侵襲的に検出する方法を開発することを目的として研究を進めている。目標を達成するには、「感染初期」を明確に定義する必要があるため、宿主トランスクリプトーム情報を使った感染段階の分類の可能性について令和４年度に検討を行った。その結果、宿主トランスクリプトーム情報がトラフグやせ病の感染ステージを把握するのに有用である可能性が示された一方、トランスクリプトーム解析に用いた腸管が適当ではない可能性が残った。
そこで令和5年度は、令和４年度に実施したトラフグやせ病感染試験と同様の試験を再度行い、腸管に加えて頭腎と脾臓についてもトランスクリプトーム解析を実施した。その結果、いずれの臓器についても顕著な結果の改善は認められず、したがって、やせ病の感染ステージ把握の目的においては、腸管よりも優れた組織は現時点では見当たらなかった。よって今後もトラフグ腸管を用いて感染ステージを把握していくこととした。
また、非侵襲的な感染ステージ把握を可能にするため、トラフグ糞便から小分子RNAを抽出できるかを検討した。その結果、適切な糞便保存方法と小分子RNA抽出方法を用いることで、糞便から小分子RNAを抽出することに成功した。抽出した小分子RNAよりライブラリ作製を行い、次世代シーケンス解析に付した。現在、取得したデータを解析している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定していた実験が全て達成できたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
感染ステージ判定に有効なマーカー遺伝子を探索するため、再度感染試験と多検体mRNA-seqを実施する。
これまでに得た全てのmRNA-seqデータを統合して、環境や遺伝的要因によらないやせ病感染ステージ特異的マーカー遺伝子を探索する。
また、トラフグ糞便由来小分子RNA-seqデータの解析を進め、非侵襲的な感染ステージ把握に利用できるか検証する。
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| Causes of Carryover |
ほぼ全額を使用したが、少額の余りが生じた。
基金であるため問題ないと判断し、翌年度に繰り越して使用することとした。
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