Towards understanding of life cycle of prematurely terminated RNAs accumulated in cancer cells

2024 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 22K06925
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 49010:Pathological biochemistry-related
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: Ogami Koichi 名古屋大学, 医学系研究科, 助教 (70796523)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: イントロン内ポリアデニル化 / がんトランスクリプトーム / RNA代謝 / RNA修飾 / 新生抗原

Outline of Final Research Achievements

In cancer cells, aberrant RNAs (ptRNAs) are produced due to premature transcriptional termination within introns. ptRNAs can act either as potentially harmful molecules or as beneficial sources of functional proteins; however, how they are regulated and associated with cancer remains largely unclear. In this study, we analyzed ptRNA expression across various cancer types and revealed their diverse expression profiles, demonstrating their potential utility in classifying cancer patients. We found that ptRNA expression is associated with cellular immaturity and the expression of RNA modification factors. Furthermore, our analysis of ptRNA-derived proteins identified candidate molecules with potential as neoantigens.

Free Research Field

分子腫瘍学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究は、がんにおけるRNA異常の中でも未開拓のままである早期転写終結型RNA(ptRNA)に焦点を当て実施した。主要な成果として、がん患者のRNAデータからptRNAを高精度に同定できるパイプラインの構築に成功したことが挙げられる。これを適用することで、がん種ごとに特徴的なptRNAの発現や、同じがん種の患者間におけるptRNA発現の多様性、ptRNAの制御に関わる遺伝子の同定に関する知見が得られることを実証した。さらに、ptRNAから生じる異常タンパク質の評価に関する基盤も構築した。これらの成果をもとに、ptRNA情報に基づくがんの診断や治療標的の探索への発展することが期待される。