2023 Fiscal Year Research-status Report
Molecular aberrations of micropapillary architecture leading to malignant trait formation in cancer
| Project/Area Number |
22K06947
|
|---|
| Research Institution | Keio University |
|---|
Principal Investigator |
新井 恵吏 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (40446547)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
| Keywords | micropapillary / lung adenocarcinoma / DNA methylation / anoikis |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
慶應義塾大学病院で肺摘除術を受けた微小乳頭状成分をもつ肺腺がん症例48例の病理診断後のホルマリン固定パラフィン包埋標本から、微小乳頭状成分(T2)とその背景の通常型腺癌成分(T1)を組織マイクロダイセクション法を用いて相互の混入を避けて分取し、ゲノムDNAを抽出し、ゲノム網羅的DNAメチル化プロファイルを高密度ビーズアレイ (Infinium MethylationEPIC Kit) によって取得した。
全例全プローブのDNAメチル化率を用いた教師なし階層的クラスター分析と主成分分析では、一部の症例を除き、同症例のT1とT2が近い位置にクラスタされた。通常型腺癌が微小乳頭状性格を獲得する際に生じるDNAメチル化の変化は、個体間の多様性に比して小さいと考えられた。
プローブごとのDNAメチル化率についてT1とT2のWelchの対応なしT検定を行ったが、多重検定における補正を行った上で有意なプローブを確保することができなかった。そこでT1からT2へのDNAメチル化変化が高頻度に観察されるプローブに着目した。プロモーター領域と推定されるプローブにおいて、T2でT1に比してDNAメチル化率が10%以上の亢進を示す症例が6症例以上 (解析症例の半数以上)であったプローブは247プローブであった。このうち、複数プローブに紐づき、多数例で同一方向のDNAメチル化異常が集積する遺伝子として、遺伝子Aを見出した。遺伝子Aは肺がんで発現しているが、低発現群では高発現群に比して予後不良と報告されており、微小乳頭状肺癌の悪性度の高さを説明できる可能性がある。
247プローブが所属する遺伝子について、WebGestaltを用いてエンリッチメント解析を行ったところ、発がんに関わるとしてよく知られた分子経路Aと分子経路Bが挙げられた。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
2023年度までに48例全ての解析を終了した。同一腫瘍内で微小乳頭状性格を獲得する際に生じる分子異常が小さいことは想定通りであったため、科学的に妥当な統計学的な工夫によって目的の分子・分子経路の絞り込みを行うことができた。
|
| Strategy for Future Research Activity |
抽出した分子のmRNA・蛋白発現の通常型腺癌・微小乳頭状成分の差違を検証する。マイクロダイセクションによって得られたT1・T2組織からRNAを抽出してRT-PCRを行うか、免疫組織化学によって組織切片上で評価する。現時点では候補分子が少ないため、検証の結果良好な結果が得られなかった場合はさらに候補分子を抽出することを検討する。現在のT1は種々の組織亜型を含んでいるため、T1取得部位の組織標本からT1の組織亜型を同定し、組織亜型毎に分けてT1とT2の差異の解析を行うことで、微小乳頭状性格を獲得する際に生じる分子異常の抽出の効率化を進める。また、使用しているマイクロアレイは十分に高い解像度を持っているため、既に得られた蛍光強度を用いてin silico解析によってコピー数異常等のデータを取得可能であり、これらのデータを統合的に解析していく。
|
| Causes of Carryover |
2022年度の研究参画者の産休・育休により研究計画が変更になったことから、2023年度はin silico解析を中心に行い、試薬消耗品を必要とする解析を2024年度に予定するため。
|
