2022 Fiscal Year Research-status Report
膵癌の局所空間における分子遺伝学的不均一性とその病理形態学的意義の探索
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22K06968
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| Research Institution | Kyorin University |
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Principal Investigator |
林 玲匡 杏林大学, 医学部, 講師 (40735396)
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2022-04-01 – 2026-03-31
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| Keywords | 膵癌 / 腫瘍内不均一性 / 空間的遺伝子発現解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
診断、治療技術の発展した今日においても膵癌は悪性腫瘍全体の中で有意に予後不良である。本研究は、この難治性癌の代表である膵癌に対して、近年注目されている空間的遺伝子発現解析を用いて局所の進展過程の背景にある分子遺伝学的変化を解明しようというものである。杏林大学病理部に保管されている膵管癌症例を100例以上を系統的にレビューして腫瘍内で形態学的変化の強い20例を抽出した。そして、FFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋標本）検体から抽出したRNAをquality checkの上、解析基準を満たす10症例を選出した。これらの症例のうち、退形成変化のある膵管癌4症例を用いて、FFPE対応のVisiumプラットフォーム（10X社）で解析を行った。特殊スライドの6.5mm四方内にある5000スポットのうち、平均で4660(4057-4992)スポットの発現が同定可能であった。Loupe Browserを用いた高次解析では、形態学的変化が見られる部分に概ね一致して発現変化が見られるとともに、形態学的変化が乏しい部分でも領域性の発現変化が見られた。現在はこの結果をもとに、gene ontology analysisやパスウェイ解析により変動遺伝子の特徴、分子遺伝学的意義を探索している。同時に鍵となる遺伝子（遺伝子群）の抽出を進めている。なお、本研究は理化学研究所がんゲノム研究チーム（中川研究室）と共同で行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
膵癌のFFPE検体を用いた空間的遺伝子発現解析はデータ取得が困難であることも予想されたが、事前のquality checkを綿密に行いサンプルを適切に抽出することで、高次解析に耐え得るデータを取得することができた。また、共同研究先である理化学研究所（中川研究室）との連絡も緊密に行うことができ、概ね計画通りの進行と言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は得られたデータからの高次解析を進める予定である。具体的には擬時間（pseudotime）やRNA velocity による解析を検討しており、これらの結果と形態学的変化との比較検討を行う。また、膵癌の退形成性変化の鍵となる遺伝子が抽出された場合は、多数例を用いた免疫組織化学染色も検討している。
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| Causes of Carryover |
今年度は網羅的解析の提出を予定しており、同解析により助成金を使用する予定である。
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