空間的シングルセル解析による大腸がん転移巣を形成するがん微小環境の解明

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K07192
• Research Institution: Gunma University
• Principal Investigator: 斉藤 秀幸 群馬大学, 医学部附属病院, 医員 (10826233)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748) ; 長山 聡 京都大学, 医学研究科, 客員研究員 (70362499)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: 大腸癌遠隔転移 / 遺伝子発現 / 空間的遺伝子発現分布

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的はがん遠隔転移の原理を理解することである。大腸癌原発巣と転移巣の空間位置情報を維持しながら遺伝子発現変動を解析する研究計画を立てている。
本年度はまず大腸癌原発巣と転移巣の凍結サンプルから遺伝子発現情報の抽出を試みた。63症例、293サンプルの大腸癌原発巣および遠隔転移巣の組織片から、total RNA抽出を試みた。現在実験途中であるが、これらから得られる情報を元に、VISIUMによる空間情報を付加した遺伝子解析への足がかりとする予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

既存の凍結サンプルからRNA抽出を行い、研究計画の仮説を構築する予定であった。現在も実験途中であるが良好なRNA抽出に難渋している。

Strategy for Future Research Activity

FFPE標本によるVISIUM解析を予定している。現在着手している既存サンプルによるRNA抽出の成否に関わらず、解析に適すると考えられる症例を選定し、計画を進めていく予定である。

Causes of Carryover

前年度は研究計画が想定より進捗できなかった。次年度は早急に計画を進めていく。