2023 Fiscal Year Research-status Report
A Study on Predicting the Effectiveness of Cancer Immunotherapy
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22K07292
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
菊地 順子 北海道大学, 医学研究院, 客員研究員 (40739637)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
畑中 佳奈子 北海道大学, 大学病院, 特任講師 (10399834)
天野 虎次 北海道大学, 大学病院, 特任助教 (20374514)
畑中 豊 北海道大学, 大学病院, 特任准教授 (30589924)
木下 一郎 北海道大学, 大学病院, 教授 (40343008)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | SWI/SNF変異 / 免疫チェックポイント阻害薬(ICI) / 治療効果予測バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は免疫チェックポイント阻害薬(ICI)の治療効果予測バイオマーカーとしてのSWI/SNF変異の意義についての検討を目的としている。まず、公共データベースを用いて、悪性黒色腫における29個の全SWI/SNF複合体遺伝子変異解析のICIの治療効果予測における有用性について検討を行なったところ、変異あり群はなし群と比して全生存期間延長の傾向を認めた。保険診療で行われる遺伝子パネル検査では29のSWI/SNF複合体遺伝子のなかで４つの遺伝子に関して遺伝子変異解析が行われている。この４つの遺伝子変異を対象として治療効果を比較すると、変異あり群はなし群と比して全生存期間延長の傾向を認めたが、統計学的優位性は示されなかった。SWI/SNF変異の意義を検討するためには、保険診療で検出可能な4遺伝子のみでは不足しているため、その他の25遺伝子についても解析に含めていく必要があることがわかった。
また、デコンボルーション法用いてTCGA-SKCMデータベースの解析を行なった。腫瘍局所浸潤免疫細胞各サブタイプの比率はSWI/SNF複合体遺伝子変異の有無によって差を認めなかった。SWI/SNF複合体遺伝子変異は腫瘍浸潤免疫細胞比率とは独立した予後因子である可能性が示唆された。ICIの効果予測バイオマーカーとして、Tumor mutational burden (TMB) が確立しているが、遺伝子パネル検査を行なった症例で、High症例、low症例を抽出し、全エクソンシークエンス、RNAシークエンスを検査実施した。解析結果が返却され、TMB High, Low症例におけるSWI/SNF複合体遺伝子変異解析を実施中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
High症例、low症例を抽出し、全エクソンシークエンス、RNAシークエンスの解析結果が返却され、TMB High, Low症例におけるSWI/SNF複合体遺伝子変異解析を実施中である。解析方法、結果の解釈について現在検討中。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は当院の悪性黒色腫検体でDNA,RNAシークエンスを行い、SWI/SNF 遺伝子変異の有無でGene Set EnrichmentAnalysis(GSEA)解析を行い、regulatory target gene, immunologic signature gene, cell type signature geneの遺伝子セットを解析する。RNA-seqのデータから、SWI/SNF遺伝子変異と腫瘍微小環境の影響につき、カサンドラを用いて腫瘍浸潤免疫細胞、間質細胞の発現を評価する。
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| Causes of Carryover |
昨年度は前年度にDNA,RNAシークエンスに提出した検体について検討を行ったため、新たな検体の提出に至らなかった。組織の遺伝子発現を解析することによって、組織細胞構成を仮想的に再構築する細胞デコンボリューションのアルゴリズム、Kassandraが2022年発表され、本アルゴリズムを用いて４検体のRNAシークエンスの遺伝子発現プロファイルからNK細胞、PD-1+CD8陽性T細胞、Tregなどの分画、悪性細胞の分画が検出されることを確認した。 今後は治療効果の判明した悪性黒色腫の症例でRNAシークエンスを実施し、免疫チェックポイント阻害薬の治療効果と相関する免疫チェックポイント分子等の発現を検討する。
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