Identification and characterization of immune disease risk genes by the integration of GWAS and eQTL

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K08538
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 永渕 泰雄 東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (20792279)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 免疫疾患 / ゲノム

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、免疫疾患の遺伝子ゲノムデータ(GWASデータ)と、免疫細胞における遺伝子と遺伝子発現の関連解析であるeQTLのデータとを統合することで、免疫疾患の原因遺伝子の候補を網羅的に明らかにし、さらに免疫学的な機能解析によってその作用機序を詳細に調べることである。本研究の対象として、関節リウマチ(RA)、SLE、全身性強皮症(SSc)のような全身性の免疫疾患(膠原病・リウマチ性疾患)のみならず、多発性硬化症、炎症性腸疾患などの臓器特異的な免疫疾患をも対象に含めた。免疫疾患のGWASデータとImmuNexUTの28免疫細胞種eQTLデータとのcolocalization解析を実施し、同一の原因バリアントによってGWASとeQTLが制御されている可能性が高い、原因バリアントと原因遺伝子(eQTLによって制御されるeGene)の組み合わせの候補リストを作成した。培養レポーター細胞による原因遺伝子候補のスクリーニング機能解析を実施し、新規の遺伝子を含む機能的な遺伝子を同定した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

データ解析で同定された候補遺伝子について、培養レポーター細胞による機能解析を実施も機能的な遺伝子は一部に限られ、サイトカイン産生などの機能は限定的な遺伝子が多かった。

Strategy for Future Research Activity

データ解析、培養レポーター細胞によるスクリーニングを継続する方策と、現時点の候補遺伝子について遺伝子改変マウスでの詳細な免疫学的機能解析を行う方策と両者を検討している。

Causes of Carryover

培養細胞を用いた再スクリーニング実験の進捗が遅れたため。次年度に実施を計画する。