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2022 Fiscal Year Research-status Report

Development and application of hierarchical simulation system based on large-scale quantum chemical calculations

Research Project

Project/Area Number 22K12064
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

西村 好史  早稲田大学, 理工学術院, 次席研究員(研究院講師) (10778103)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Keywords計算化学 / 量子化学 / 分子動力学 / 分子シミュレーション / 並列計算
Outline of Annual Research Achievements

大規模量子化学計算に基づく階層的シミュレーションシステムを構築し、ナノスケール分子集合体への応用を通して大規模モデルを用いたシミュレーションにおける量子的取り扱いの有効性の実証を目指す。階層的シミュレーションシステム構築のために、所属研究室で開発された大規模量子化学計算プログラムDCDFTBMDの高度化や補助ユーティリティ整備を行う。ナノスケール分子集合体への応用として、ナフィオン中のプロトン伝導や水溶性ポリマーの熱分解プロセスに対する化学反応シミュレーションの実行と解析を行う。2022年度は階層的シミュレーションシステムの構築に不可欠となる機能の追加をプログラムに施す。
多数の分子種からなる系で進行する未知の反応性イベントのサンプリングを加速するナノリアクター分子動力学(NMD)法をDCDFTBMDプログラムに実装した。さらに、活性な分子種のみ加速効果が選択的に作用されるようNMD法のアルゴリズムを拡張した。これにより、従来のNMD法では困難であった溶液系における化学反応イベントの効果的なサンプリングが可能となった。
DCDFTBMDと他の計算プログラムを接続するためのインターフェース開発を行い、合計5種類のプログラムとの接続を可能とした。これにより、量子化学計算と古典力場計算を組み合わせるハイブリッド計算や、より効果的な部分構造最適化およびポテンシャルエネルギー面探索、半古典動力学など幅広いシミュレーションについてDCDFTBMDを駆使した大規模量子化学計算手法の適用の見通しがたった。また、開発したインターフェースの応用事例として、従来数百原子以下の取り扱いがなされてきた水溶液系に対する核の量子効果を考慮したシミュレーションを数千原子規模の大規模モデルを用いて実行した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2022年度は階層的シミュレーションシステムの構築に不可欠となる要素部品の開発を予定していたため、おおむね順調に進行している。

Strategy for Future Research Activity

2023年度は階層的シミュレーションシステムの完成に向けて、プリポスト処理を効率化するための補助ユーティリティ開発と前年度までに開発したプログラムとの一体化を図る。また、構築したシステムを用いてナフィオン中のプロトン伝導に関する応用計算に着手する。プロトンダイナミクスの追跡と含水率依存性の解析により、プロトン伝導機構の分子レベルでの詳細解明を目指す。

Causes of Carryover

2022年度は階層的シミュレーションシステム構築のためのプログラム開発・インターフェース拡充と成果の論文化作業に当初の想定以上に注力する必要が生じた。最終的に最低限の機能を導入したプログラムの準備までは完了したが、計画していた大型計算機を利用しての動作検証にまで至らなかった。2023年度からは応用計算を開始し多くの計算資源が必要となることから、未使用分の大半を引き続き大型計算機利用料金に充当する予定である。

  • Research Products

    (9 results)

All 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Species-selective nanoreactor molecular dynamics simulations based on linear-scaling tight-binding quantum chemical calculations2023

    • Author(s)
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 158 Pages: 054106~054106

    • DOI

      10.1063/5.0132573

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enabling large-scale quantum path integral molecular dynamics simulations through the integration of Dcdftbmd and i-PI codes2023

    • Author(s)
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 158 Pages: 164101~164101

    • DOI

      10.1063/5.0147535

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 量子的分子動力学計算プログラムDCDFTBMDの開発状況と最近の応用事例2023

    • Author(s)
      西村好史
    • Organizer
      スーパーコンピュータワークショップ2022「複雑電子状態の理論・計算科学」
    • Invited
  • [Presentation] Recent updates of DCDFTBMD program: Theory, implementation, and applications2023

    • Author(s)
      Hiromi Nakai, Yoshifumi Nishimura
    • Organizer
      Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Species-selective nanoreactor molecular dynamics simulations based on linear-scaling tight-binding quantum chemical calculations2023

    • Author(s)
      Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • Organizer
      Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複雑反応過程のための選択的量子ナノ反応器分子動力学法の実装と応用2022

    • Author(s)
      西村好史, 中井浩巳
    • Organizer
      第16回分子科学討論会
  • [Presentation] DCDFTBMDと分子シミュレーションプログラムの接続:大規模量子的経路積分分子動力学計算への展開2022

    • Author(s)
      西村好史, 中井浩巳
    • Organizer
      第36回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 光活性イエロータンパク質の光異性化過程に対する量子的分子動力学シミュレーション2022

    • Author(s)
      石田賢亮, 西村好史, 吉川武司, 中井浩巳
    • Organizer
      第36回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] Recently added features in DCDFTBMD program2022

    • Author(s)
      Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • Organizer
      New Horizons in Scientific Software: THE NEW COLLABORATIVE PLATFORM GOES LIFE (NHISS2022)
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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