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2023 Fiscal Year Research-status Report

microRNAを介した時計出力機構の解明

Research Project

Project/Area Number 22K15158
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

浅野 吉政  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 助教 (50872123)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2026-03-31
Keywords体内時計 / エネルギー代謝 / 時計出力 / microRNA / 転写後制御 / E4BP4
Outline of Annual Research Achievements

24時間周期で繰り返される生理機能リズムは、生物が地球環境に適応して獲得した生体システムである。哺乳類においては、時計シス配列(E-box・D-box・RRE配列)と呼ばれるDNA上の制御配列を介した転写制御によって多数の遺伝子に転写リズムを与えている(時計出力)。申請者は、D-box出力の制御因子であるE4bp4を全身で欠損したマウスの解析から、E4BP4を欠損しても時計振動は正常に時を刻み続ける一方、D-boxを介した時計出力が破綻することを報告してきた。本年度はさらに、肝臓のみで欠損したマウスを組み合わせた解析を行い、時計振動と時計出力、また臓器ごとにE4BP4の役割を切り分けることにより複雑に絡み合った時計出力メカニズムの解明を目指した。これらの解析により、全身E4bp4欠損マウスにおいて観察されていた生理機能の異常の一部を、肝臓特異的E4bp4欠損マウスにおいても同様に観察することができ、E4BP4が複数の臓器で異なる生理機能を制御していることが想定された。全身または肝臓特異的E4bp4欠損マウスの臓器を用いたメタボローム解析を展開し、様々なエネルギー状態における代謝産物の測定をおこなった。その結果、ある代謝産物の合成に関わる経路が肝臓のE4BP4により制御される可能性が浮かび上がった。このようにD-boxを介した時計出力のエネルギー代謝における作用点が明らかになってきた。もう一つの柱であるmicroRNAを介した時計出力機構については、幾つかの候補因子である二本鎖RNA結合タンパクによって制御されうるmicroRNAの同定に成功しており、E4BP4の分子作用点の解明に向けた研究が順調に遂行でき、当初の計画以上に多くの成果を上げることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本研究は、時計出力を時計振動から切り分けて解析することにより、体内時計の時刻情報を生理機能へと伝える分子メカニズムを詳細に解析することを目的としている。新たに作出した肝臓特異的E4bp4欠損マウスを用い、時計出力により制御される生理機能のうち、糖代謝機構におけるE4BP4の生理的役割について研究を展開した。その結果、ある代謝産物は短時間の栄養条件の変化により大きく変動する一方、全身E4bp4欠損マウスにおいては有意な変動がみられないことが分かった。今年度は肝臓特異的E4bp4欠損マウスのメタボローム解析を展開し、全身E4bp4欠損マウスでみられた特定の代謝産物量の異常が、肝臓特異的E4bp4欠損マウスにおいても生じていることを明らかにした。これまでの研究で得られた代謝産物の網羅データについて、MetaboAnalystを用いたパスウェイ解析をおこなったところ、この代謝産物の制御経路が浮かび上がっており、E4BP4が標的とするエネルギー代謝経路を絞り込むことに成功したと考えられる。
またmicroRNAを介した時計出力機構について、E4BP4が制御しうる可能性のある二本鎖RNA結合タンパクを用いたRNA免疫沈降実験をおこない候補となるmicroRNAを複数同定できている。具体的には、特定のRNA結合タンパクを細胞内に過剰発現させ、RNAと結合した状態で免疫沈降実験により、結合しているRNAをシーケンシング解析により同定した。本研究では、ゲノムから転写される段階ではE4BP4により制御を受け、転写後にプロセシングされる段階では二本鎖RNAに結合タンパクによる制御をうけるmicroRNAを探索する。そこで抗E4BP4抗体を用いたChIP-Seqデータを組み合わせて標的microRNAの探索をおこなっている。このように、当初の計画以上に多くの成果を上げることができた。

Strategy for Future Research Activity

本研究課題の目標である、「D-boxを介した時計出力による生理機能の制御メカニズムの解明」において、E4bp4欠損マウスだけでなく、肝臓特異的E4bp4欠損マウスを用いた解析が順調に遂行できており、D-boxを介した時計出力の生理学的意義については明らかにできつつある。今後、これらの生理機能におけるE4BP4の分子的作用点を明らかにしていきたい。エネルギー負荷試験により、E4BP4の機能が明らかになりつつあるが、この際、どのようなタンパクが制御を受けて表現型につながっていくのかを転写後制御を絡めた解析により分子レベルで探索していく。このようなmicroRNAを介した時計出力機構を明らかにするため、時計出力の下流にあると想定される二本鎖RNA結合タンパクに着目した解析を遂行していく。これらの候補タンパクが結合し、microRNAの成熟化に関わると想定される標的microRNAはいくつか同定できており、これらのmicroRNAの下流の遺伝子の探索・確認を遂行していく。具体的には、同定したmicroRNAの転写レベルでのE4BP4制御をうけているか、またエネルギー状態に応じて変動するmicroRNAを探索することにより、新たにみつけた表現型の原因となる標的microRNAを探索し、機能解析をおこなう。今後も引き続き、時計振動と時計出力を切り分けた解析と並行し、時計出力に関連するmicroRNAやその下流の生理機能を分子レベルで解析していく。

  • Research Products

    (6 results)

All 2024 2023

All Journal Article (1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] SNPD-CRISPR: Single Nucleotide Polymorphism-Distinguishable Repression or Enhancement of a Target Gene Expression by CRISPR System2023

    • Author(s)
      Maruyama Shohei、Kusakabe Takashi、Zou Xinyi、Kobayashi Yoshiaki、Asano Yoshimasa、Wang Qingbo S.、Ui-Tei Kumiko
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 2637 Pages: 49~62

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3016-7_4

  • [Presentation] The dsRNA binding proteins, PACT and TRBP, switch their binding partners during the poly(I:C)-induced antiviral response2023

    • Author(s)
      Yoshimasa Asano, Toyotaka Yoshida, Yang Xiaoxiong, Yuta Otobe, Koji Onomoto, Mitsutoshi Yoneyama, Hikari Yoshitane, Kumiko Ui-Tei
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Profiling of protein_protein network during the poly(I:C)-induced antiviral response2023

    • Author(s)
      Yoshimasa Asano, Yang Xiaoxiong, Toyotaka Yoshida, Yuta Otobe, Koji Onomoto, Mitsutoshi Yoneyama, Hikari Yoshitane, Kumiko Ui-Tei
    • Organizer
      第24回日本RNA学会年会学会
  • [Presentation] Profiling of protein_protein interactions during the poly(I:C)-induced antiviral response2023

    • Author(s)
      Yoshimasa Asano, Yuta Otobe, Koji Onomoto, Mitsutoshi Yoneyama, Hikari Yoshitane, Kumiko Ui-Tei
    • Organizer
      RNA Society 2023 in Singapore
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] エネルギー代謝機構におけるD-boxを介した時計出力の生理的役割2023

    • Author(s)
      浅野吉政、酒井誠之介、尾崎遼、鈴木穣、岩崎渉、吉種光、深田吉孝
    • Organizer
      第30回 日本時間生物学会学術大会
  • [Book] 核酸医薬2024

    • Author(s)
      浅野吉政、小林芳明、程久美子
    • Total Pages
      12
    • Publisher
      NTS
    • ISBN
      978-4-86043-886-9

URL: 

Published: 2024-12-25  

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