Comprehensive search and functional analysis of neurodevelopmental stage-specific transcription factor isoforms

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 22K15211
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 46010:Neuroscience-general-related
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: Owa Tomoo 大阪大学, 大学院医学系研究科, 助教 (80738914)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 神経科学 / ロングリードRNAシーケンシング / 小脳 / 選択的スプライシング / トランスクリプトーム解析 / 小脳顆粒細胞前駆細胞

Outline of Final Research Achievements

In this study, long read cDNA sequencing was performed on a group of highly purified cerebellar granule cell progenitors and cerebellar granule cells. This revealed gene expression profiles at the isoform level between neural progenitors and neurons. There were changes in expression levels between isoforms for most genes, but no major changes in expression ratios. When each isoform-specific knockdown was performed, some phenotypes were observed to be different. This study is expected to provide new insights into neurogenesis.

Free Research Field

神経科学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近年、オミクス解析技術の進歩により、神経科学を含む多くの生命科学研究に様々な知見が得られるようになった。しかしながら、遺伝子のほとんどは、複数のアイソフォームを持つにもかかわらず、未だにアイソフォームレべルでの遺伝子発現プロファイルなどに着目した研究は少ない。これは、アイソフォームレベルまで識別できるトランスクリプトーム解析の検出感度の問題が挙げられる。本研究は、高純度に精製できる神経前駆細胞である顆粒細胞に着目し、効率的な神経前駆細胞と神経細胞間におけるアイソフォームレベルの発現プロファイルを得ることに成功している。これにより、神経発生における遺伝子制御に深い洞察を与えることが期待される。