2022 Fiscal Year Research-status Report
耐性遺伝子を指標とした微生物資源からの新規薬剤シーズの探索
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22K15305
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
堤 隼馬 北里大学, 感染制御科学府, 特任助教 (40903274)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 天然物 / 耐性遺伝子 / ゲノムマイニング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年の微生物ゲノム配列解読により、微生物は実際に取得されている数以上の天然物の生産能力を有していることが明らかになってきた。そのため、ゲノムデータを利用した天然物探索も盛んに行われるようになった。しかし、ゲノムベースが膨大であることもあり、探索標的の選定に工夫が必要で、労力もかかるため、効率的かつ有効にデータを利用した天然物探索は行うことができていない。本研究ではゲノムデータベースに登録されているゲノムデータの中から、耐性遺伝子を指標に天然物の生合成遺伝子クラスター (BGC) を探索することを目的とした。探索には網羅的に様々な標的BGCを探索するため、目的の耐性遺伝子を含むBGCを自動で探索プログラミングを構築し、効率的かつ網羅的にゲノムベース探索を行う。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度は、耐性遺伝子を含む生合成遺伝子クラスター (その中でも特にペプチド系天然物生合成遺伝子クラスター) をゲノムデータベースから網羅的に探索することを試みるため、NCBIのデータベースに登録されている全ゲノムからペプチド系天然物の生合成遺伝子クラスターの配列の抽出、抽出した配列のデータベース化、データベースからの探索対象の抽出を行うためのプログラム構築を行う予定であり、実際にプログラム構築が完了したため、概ね順調に進展していると評価した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度は昨年度に構築したプログラムを用いて、耐性遺伝子を含むペプチド系天然物生合成遺伝子クラスターを探索する。そして、見出した天然物生合成遺伝子クラスターにより合成される天然物の同定を試みる。
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| Causes of Carryover |
コロナ禍により、学会や会議がオンラインとなっており学会参加などに計上していた費用の利用機会がなかったため。
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