Clarifying disease risk of mobile element variations by GWAS

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 22K15385
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: Shohei Kojima 国立研究開発法人理化学研究所, 生命医科学研究センター, 基礎科学特別研究員 (30851703)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 転移因子 / トランスポゾン / GWAS / eQTL / 遺伝統計

Outline of Final Research Achievements

This research has made three achievements. 1) Development and open-source release of MEGAnE, a software that can precisely detect and genotype mobile element variations (MEVs). 2) GWAS of MEVs in Biobank Japan. We performed MEV GWAS and found one MEV in NEDD4 gene is one genetic cause of keloid, a skin disease. We reported this result in Nature Genetics (applicaint is the first and co-corresponding author). 3) Publishment of a review paper. I summarized statistical genetics of MEVs and published a review paper in Human Genome Variation (applicaint is the first and corresponding author).

Free Research Field

ゲノム医科学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

疾患の遺伝要因の特定は、精密医療の実現の鍵となる。ゲノムワイド関連解析（GWAS）は疾患の遺伝要因を網羅的に調べる手法だが、大半のGWASは一塩基多型のみを使用しており、疾患の原因となる構造多型を見つけることができない。本研究により、ヒトの構造多型の25%を占める転移因子多型を遺伝統計解析することが可能となった。つまり、これまで見過ごされてきた疾患の遺伝要因の特定が可能となり、疾患の予防法開発と治療法開発、精密医療の推進に貢献することが期待される。実際に本研究では皮膚病変の原因変異を特定した。本結果は今後、皮膚病変リスクのより良い評価手法の開発や皮膚病変の治療開発に役立つ。