small RNAを標的とした緑膿菌薬剤耐性機序の解明とその検査・制御方法の開発

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K15458
• Research Institution: Kobe University
• Principal Investigator: 大沼 健一郎 神戸大学, 医学部附属病院, 臨床検査技師 (70899822)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: small RNA / 緑膿菌 / 抗菌薬耐性

Outline of Annual Research Achievements

令和4年度は研究に使用する緑膿菌保存菌株から薬剤感受性試験を行い、薬剤耐性プロファイルを最小発育阻止濃度により確認した。当初、令和4年度には各緑膿菌菌株よりsmall RNAを抽出し網羅的解析も行う予定であったが、COVID-19感染拡大に伴う試薬不足、物流遅延によりsmall RNA抽出試薬の納品が大幅に遅延した。2023年1月に試薬供給が再開されたため、現在、抽出条件の最適化を検討中であり、その後網羅的解析を行う予定である。
また、網羅的解析に加え、緑膿菌の薬剤耐性に関わる既知のsmall RNAについてRT-PCRにて発現量の解析を行うこととし、プライマー設計を行った。既知のsmall RNAの発現解析ではあるが、本検討から得られる結果は、同一患者から経時的に分離された菌株でのsmall RNAの発現量の変化を初めて確認するものであり、緑膿菌のsmall RNA研究、薬剤耐性メカニズムの解明において、菌株ごとの多様性の有無を確認できるため重要な意義を持つことが期待される。
また、当初使用予定の菌株の他に、別の患者から分離された耐性度の異なる菌株を収集することができ、順次網羅的解析およびRT-PCRを行う予定である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

COVID-19感染拡大に伴う試薬不足、物流遅延によりsmall RNA抽出試薬の納品が大幅に遅延し、抽出条件の確立に時間を要した。

Strategy for Future Research Activity

現在、small RNAの抽出条件の最適化を検討中であり、その後網羅的解析を行う予定である。
網羅的解析に加え、緑膿菌の薬剤耐性に関わる既知のsmall RNAについてRT-PCRにて発現量の解析を行う。既知のsmall RNAの発現解析ではあるが、本検討から得られる結果は、同一患者から経時的に分離された菌株でのsmall RNAの発現量の変化を初めて確認するものであり、緑膿菌のsmall RNA研究、薬剤耐性メカニズムの解明において、菌株ごとの多様性の有無を確認できるため重要な意義を持つことが期待される。
また、当初使用予定の菌株の他に、別の患者から分離された耐性度の異なる菌株を収集することができたため、順次網羅的解析およびRT-PCRを行い、薬剤耐性に関わるsmall RNAの発現に菌株差が認められるかどうか調査する予定である。

Causes of Carryover

試薬の納品遅延により、当初実施予定であった網羅的解析が実施不能であった。順次試薬が納品されているため、令和5年度前半に網羅的解析を実施する予定である。