2023 Fiscal Year Research-status Report
遺伝性ニューロパチーの新規ターゲットパネル解析システムの構築
| Project/Area Number |
22K15713
|
|---|
| Research Institution | Kagoshima University |
|---|
Principal Investigator |
吉村 明子 鹿児島大学, 医歯学総合研究科, 特任研究員 (00934407)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
| Keywords | 遺伝性ニューロパチー / 網羅的遺伝子解析 / ターゲットパネル |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
(1)昨年度既にCharcot-Marie-Tooth病(CMT)及び遺伝性感覚性自律神経性ニューロパチー(HSAN)を含む遺伝性ニューロパチー103遺伝子を対象とした新規ターゲットパネルを構築した。構築したパネルを使用し全国から依頼のあった新規のCMT疑い症例をこれまで2年間でおよそ700例について解析を実施し、効率的に診断することができた。
(2)昨年度論文にて報告したRFC1リピート伸長異常については、HSAN症例の陽性率が高いことより、臨床的にHSANと診断された症例に関してはまずRFC1リピート伸長解析を実施してからパネルによる解析を実施しており、より診断を効率化することができている。その他のパネル解析陰性例については、RFC1やNOTCH2NLC、その他のOPDM関連遺伝子(LRP12, GIPC1, RILPL1) ついてもリピート伸長異常解析をRepeat-Primed PCRやLong-range PCR等により実施している。一部の検体についてはロングリードシークエンサーを使用してリピート数を計測するなど、リピート伸長異常を同定することができた。
(3)ターゲットパネル解析、リピート伸長解析、Exome解析の陰性例について、ロングリードシークエンサー(GridION)を使用した全ゲノム解析も数例ではあるが開始した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度構築したCMT及びHSANを含む遺伝性ニューロパチー103遺伝子を対象としたターゲットパネルを用いて、新規のCMT疑い症例をさらにおよそ300例の解析が継続して実施できており、順調である。
陰性症例についてリピート伸長解析も進め、RFC1リピート伸長やNOTCH2NLCリピート伸長をさらに同定した。またOPDM関連遺伝子についてのリピート伸長解析も実施し、現在論文投稿中である
ターゲットパネル解析、リピート伸長解析、Exome解析の陰性例について、遺伝的要素が非常に高い症例を選別し、ロングリードシークエンサーを使用した全ゲノム解析も開始している。
|
| Strategy for Future Research Activity |
次年度も新規CMT疑い症例およそ300例の解析を実施予定である。新規変異については、segregation解析やIn silico解析を進め、変異の病的意義を検証する。またリピート伸長異常については既知の遺伝子については、随時解析を実施する。ロングリードシークエンサーを用いてリピート数の計測や全ゲノム解析も実施していく予定である。 過去の解析データも含め、遺伝子毎の臨床的遺伝学的特徴を明らかにする。
|
-
-
-
-
-
[Journal Article] Clinical variability associated with intronic FGF14 GAA repeat expansion in Japan2023
Author(s)
Ando Masahiro、Higuchi Yujiro、Yuan Junhui、Yoshimura Akiko、Kojima Fumikazu、Yamanishi Yuki、Aso Yasuhiro、Izumi Kotaro、Imada Minako、Maki Yoshimitsu、Nakagawa Hiroto、Hobara Takahiro、Noguchi Yutaka、Takei Jun、Hiramatsu Yu、Nozuma Satoshi、Sakiyama Yusuke、Hashiguchi Akihiro
-
Journal Title
Annals of Clinical and Translational Neurology
Volume: 11
Pages: 96～104
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
