RNA motionによる細胞間相互作用の時空間的理解への挑戦

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K16131
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 加藤 愛巳 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任研究員 (60832045)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 心不全 / RNA motion

Outline of Annual Research Achievements

RNA-motionの作成に必要なRNA-seqのデータをとった。具体的には、マウス圧負荷心不全モデルの心筋細胞RNA-seqのデータを、時系列で解析した。2次元上での解析（UMAP）ではあるが、圧負荷開始後、２週後で、1細胞遺伝子発現プロファイルは、大幅に変化し、その後４週後では、圧負荷開始前に近づく結果であった。本圧負荷モデルでは、4週後は、非代償期である。非代償期で、心機能が落ちているにも関わらず、圧負荷2週後より、正常に近いプロファイルであったという結果は、圧負荷４週後の変化が、正常に近い、というよりは、圧負荷２週後の変化が、あまりにも変化が大きいため、相対的に正常に近づいているように見えているのではないか、と考えている。今後更なる解析を進め、UMAPの3次元化を目指すとともに、病態理解も進めていく。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

概ね順調に経過しており、必要なデータは揃った。今後は、解析手法の開発を進めていく。

Strategy for Future Research Activity

既存のソフトの組み合わせや、一部改良を行い、RNA-seqデータの3次元化、さらには、時間軸のデータも統合し、RNA-motionの確立を目指す。