2022 Fiscal Year Research-status Report
DNA構造多型同定による、不整脈原性右室心筋症の新たな遺伝的背景の解明
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22K16157
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| Research Institution | National Cardiovascular Center Research Institute |
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Principal Investigator |
園田 桂子 国立研究開発法人国立循環器病研究センター, 研究所, 上級研究員 (90824417)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 不整脈原性右室心筋症 / 遺伝性心疾患 / DNA構造多型 / ロングリードシークエンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、ロングリードシークエンス (LRS) やMultiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) 法を用いてデスモソーム関連遺伝子のSVsをスクリーニングすることにより、今まで不明であった不整脈原性右室心筋症（ARVC）患者の遺伝的背景を明らかにすることを目的とする。
R4年度は、ショートリードによるターゲットシークエンスでは原因遺伝子変異が同定されなかったARVC発端者63人を対象に、MLPA法を用いてPKP2及び他のデスモソーム関連遺伝子の一部のエクソンについて、欠失・重複の有無をスクリーニングした。結果は、1名がPKP2エクソン8-14の欠失を有していた。本症例は症状を伴う心室性不整脈を発症しており、PKP2変異症例の特徴と合致していた。家系解析は現在施行中である。なお153名の中に既知のPKP2全エクソン欠失症例（Sonoda K, Europace 2017) が1名含まれているため、153人中2名(1.3%)がPKP2の欠失を有していたことになる。
続いて、DSG2のSVsをスクリーニングするために、ロングリードシークエンサーであるのナノポアシークエンサーを使用し、ターゲットシークエンス用のCas9プローブを設計した。オフターゲット等の問題によりCas9プローブ調整に時間を要したが、DSG2遺伝子全体をカバーできるようなCas9プローブの設計が完了した。R5年度はこのCas9プローブを用い、62人を対象にDSG2のSVsをスクリーニングを完了する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
R4中にDSG2のSVsスクリーニングを開始する予定であったが、ターゲットシークエンス用のCas9プローブ設計の調整に想定より時間を要してしまい、R5年度からの開始になってしまった。
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| Strategy for Future Research Activity |
R5年度中に、発端者63名を対象にナノポアシークエンサーを用いたターゲットシークエンスを完了する。さらにDSC2、DSP、JUPについてもターゲットシークエンス用のCas9プローブを設計し、スクリーニングを開始し、R6年度前半には完了させる。
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| Causes of Carryover |
R4年度に施行予定であった、ナノポアシークエンサーによるターゲットシークエンスを用いたスクリーニングが、Cas9プローブ調整に時間を要し施行できなかったため、R4年度の使用額が予定より少額となった。R4年度にできなかった実験をR5年度に施行するため、生じた次年度使用額をそのまま使用する予定である。
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