長鎖シーケンスを用いた家族性肺癌家系の構造多型解析

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K16573
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: 朝重 耕一 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(医学系), 助教 (70457547)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2026-03-31
• Keywords: 家族性肺癌 / 長鎖シーケンス

Outline of Annual Research Achievements

1．長鎖シーケンサーを用いた家系内患者特異的な遺伝子変異、ゲノム構造異常の検出：我々が有するサンプルのうち、肺癌罹患者4名から抽出したDNA についてはすでに長鎖シーケンサー(PromethION)を用い1回目の解析を行なっていた。今回データ量の追加を目的として家系内肺癌罹患者４名について長鎖シーケンサーで2回目の解析を行なった。Estimated basesはサンプル①ー④まで、それぞれ54.37Gb、51.96Gb、41.1Gb、49.35Gbであった。Data producesはサンプル①ー④まで、それぞれ664.8GB、632.73GB、499.3GB、587.94GBであった。Reads Generatedはサンプル①ー④まで、それぞれ11.13M、10.28M、8.06M、8.82Mであった。Estimated N50はサンプル①ー④まで、それぞれ9.99kb、10.06kb、10.42kb、11.73kbであった。十分なデータ量が確保できたことから、現在バイオインフォマティクス手法を用いて、家系内において特徴的な異常の抽出をおこなっているところである。長鎖シーケンサー解析により構造異常の部位が特定できれば、短鎖シーケンス解析の結果においても、その部位について特異的に解析することで構造異常を指摘することはバイオインフォマティクス解析により可能である。サンプル①とサンプル②はshortNGS にて全ゲノム解析を実施しておりサンプル①は平均coverage54.3x、サンプル②は平均coverage32.45xのデータ量が得られており、現在サンプル③と④について、全ゲノム解析を実施する準備をおこなっているところである。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

長鎖シーケンスの実施は予定通り実施できたが、その解析に時間を要しているため。

Strategy for Future Research Activity

引き続き長鎖シーケンスの解析を実施していく。並行して現在準備中の２サンプルについて短鎖全ゲノムシーケンスを実施し、長鎖シーケンスの結果とともに解析を実施する予定である。

Causes of Carryover

前年度予定していた短鎖シーケンス解析が実施できなかったため、その分を次年度に繰り越して解析費用として使用する予定である。