2022 Fiscal Year Research-status Report
口腔がん関連長鎖非コードRNAによるIFN応答の意義と応用
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22K17188
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| Research Institution | Sapporo Medical University |
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Principal Investigator |
畠中 柚衣 札幌医科大学, 医学部, 研究員 (60815265)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 口腔がん / 長鎖noncoding RNA / DLEU1 / インターフェロン応答 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
口腔がん細胞におけるDLEU1の分子機能を明らかにするため、口腔がん細胞株を用いてDLEU1をsiRNAでノックダウンし、遺伝子発現をマイクロアレイ解析し、ヒストン修飾をクロマチン免疫沈降シークエンス(ChIP-seq)で解析した。ヒストン修飾は、転写活性化マーカーであるヒストンH3リジン4トリメチル化(H3K4me3)と、ヒストンH3リジン27アセチル化(H3K27ac)を解析対象とした。ChIP-seq解析の結果、DLEU1ノックダウンによりゲノムワイドなH3K27acレベルの低下を認めた。H3K27acレベルが変化した遺伝子を抽出し、Gene Ontology解析およびPathway解析を行った結果、インターフェロン応答や免疫応答に関わる遺伝子が有意にエンリッチしていることが明らかとなった。IFIT1、IFITM1、IFI6など代表的なインターフェロン応答遺伝子を選択し、H3K27acレベルをChIP-qPCRで再検証した結果、DLEU1ノックダウンによる低下が確認された。
また遺伝子発現マイクロアレイの結果をGene Set Enrichment Analysisで解析した結果からも、DLEU1ノックダウンによりインターフェロン応答に関わる遺伝子セットの有意な発現低下が確認された。これらの結果は、複数の口腔がん細胞株を用いた定量RT-PCRからも確認された。さらにDLEU1ノックダウンによりINFAR1やIFNGR2などインターフェロン受容体の発現が抑制されることを定量RT-PCRから明らかにした。以上の結果から、DLEU1が口腔がん細胞のインターフェロン応答を活性化することを明らかにした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
口腔がん細胞におけるDLEU1の分子機能を明らかにするためのトランスクリプトームデータとエピゲノムデータを取得することができた。それらのデータを統合解析した結果、DLEU1が口腔がん細胞のエピゲノムに作用すること、そしてインターフェロン応答シグナルを活性化することを明らかにすることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
さらに複数の口腔がん細胞株を用いて、トランスクリプトーム・エピゲノムデータを収集する。それらのデータのバイオインフォマティクス解析を行い、DLEU1の分子機能の推測を行う。またDLEU1の下流標的遺伝子候補を同定し、口腔がん細胞を用いて機能解析を行う。
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| Causes of Carryover |
予定していた学会出張の多くがリモートによる参加となったため、その分の旅費を使用しなかった。また外注予定だった一部の実験を自前で行ったため、費用が軽減された。次年度は、実験の消耗品、学会出張、実験補助員の謝金として使用する予定である。
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[Journal Article] CXCL12 is expressed by skeletal muscle cells in tongue oral squamous cell carcinoma.2023
Author(s)
Yorozu A, Sekiguchi S, Takasawa A, Okazaki F, Niinuma T, Kitajima H, Yamamoto E, Kai M, Toyota M, Hatanaka Y, Nishiyama K, Ogi K, Dehari H, Obata K, Kurose M, Kondo A, Osanai M, Miyazaki A, Takano K, Suzuki H.
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Journal Title
Cancer Med.
Volume: 12
Pages: 5953-5963
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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